É ainda durante a sua estadia em Paris que vê o seu primeiro trabalho publicado, Description dês monnaies, médailles et autres objects d`art concernant l´histoire portugaise du travail, tinha então quarenta e cinco anos. Em 1868, surge o seu primeiro trabalho sobre arqueologia intitulado Relatório sobre o cemitério romano descoberto próximo da cidade de Tavira em 1868, onde o autor critica abertamente a falta de apoio aos estudos arqueológicos e chama a atenção para o abandono do património português, em especial dos monumentos edificados (Relatório sobre o cemitério...,1868, pp.3-5).

Em 1871, Teixeira de Aragão faz publicar a primeira edição da obra Vasco da Gama e a Vidigueira. Inicialmente prevista para ser um artigo de jornal, rapidamente alcança a forma de livro tendo conhecido três edições, 1871,1886 e 1898. As edições revistas e aumentadas revelam a preocupação do autor pela busca da verdade e a sua consciência das limitações que esta contém. Para o autor, «o escritor consciencioso vai estudando e emendando; a crítica auxilia a investigar a verdade, e esta é o único alicerce da História» (Vasco da Gama e a Vidigueira..., 1898, p. XIV). A verdade encontra-se nos documentos, nos monumentos e nos artefactos. Assim, afirmava que as fontes deveriam ser alvo de uma forte inquisição por parte do investigador; porém, tendo sempre em atenção que os «cronistas narraram principalmente os grandiosos feitos dos príncipes e dos altos personagens, deixando de mencionar muitas coisas que julgavam secundárias e de que a história hoje não pode prescindir» (Idem, 1898, p.X).

Entre 1875 e 1880, é publicada, em três tomos, a Descrição geral e história das moedas cunhadas em nome dos reis, regentes e governadores de Portugal, embora a obra se encontre incompleta (Antologia da historiografia portuguesa de Herculano aos nossos dias, 1975, vol. 2, 30), é, ainda nos nossos dias, uma das obras incontornáveis da história da numismática em Portugal. Dos três tomos publicados, o primeiro refere-se ao estudo das moedas das primeiras dinastias (1128-1640) e às dos governadores do reino; o segundo tomo é dedicado ao estudo das moedas da dinastia de Bragança até ao Monarca D. Luís (1640-1877); o último tomo publicado dedica-se ao estudo das moedas da Índia e da África Oriental; deveria, ainda, ter sido publicado um quarto tomo, que seria dedicado às moedas do Brasil e da África Ocidental (Da Numismática em Portugal, 1923, p.159). Uma parcela desse tomo foi publicada sob o título Breve noticia sobre o descobrimento da América e encontra-se numa compilação de estudos denominada Centenário do descobrimento da América. Esta obra foi elaborada no âmbito das comemorações do IV Centenário do Descobrimento da América, onde Teixeira de Aragão participou na categoria de Tesoureiro da comissão portuguesa e como autor de dois textos contidos na obra acima referida.

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