No início da década de 1950, desenvolveu os mesmos temas nas revistas Filosofia, Revista Portuguesa de Filosofia e Studia. No âmbito da história do pensamento religioso, a sua obra é extensa com destaque para os estudos sobre os Oratorianos, Franciscanos e Jesuítas. Mais tardiamente, realizou trabalhos originais de investigação em história da educação com base em fontes primárias inéditas, com destaque para A reforma pombalina dos estudos secundários no Brasil (1.ª fase: 1759 a 1771) (São Paulo, Universidade / Saraiva-Livreiros Editores, 1978), A reforma pombalina dos estudos secundários (1759-1771): contribuição para a história da pedagogia em Portugal (tese de Doutoramento, 3 vols., Coimbra, Por ordem da Universidade, 1981); postumamente, foi editado o estudo A reforma pombalina dos estudos secundários no Arquipélago dos Açores: 1.ª fase 1759-71. (Ponta Delgada, Universidade dos Açores, 1983). No ano de seu falecimento, a Imprensa Nacional-Casa da Moeda editou o livro Contributos para a história da mentalidade pedagógica portuguesa (668 p.), o qual reúne, segundo o próprio Banha de Andrade, “pequenos estudos, publicados através de vários anos de investigação, que têm contribuído, como primeira apanha, para trabalhos de maior dimensão (…) pequenos contributos, fechados em revistas de difícil consulta e, para muitos estudiosos, ausentes das suas próprias bibliotecas”, distribuídos por seis longos capítulos (Três linhas de pensamento; Tomismo e aristotelismo em discussão; No signo cartesiano e wolfiano; Filosofia e ciências físicas nos Jesuítas; Filosofia e ciências físicas nos Oratorianos; Pedagogia e Iluminismo), precedidos de uma curta Explicação necessária escrita pelo autor.

A. A. Banha de Andrade, enquanto investigador da então Junta de Investigações Científicas do Ultramar, publicou um vasto conjunto de artigos diversificados sobre história colonial, com destaque para: A política portuguesa em África no século XVIII (1953); Many races, one nation. The tradicional antiracialism of Portugal's civilizing method (1954) traduzido para português no ano seguinte com o objetivo de servir de texto nos cursos da Campanha Nacional de Educação de Adultos e ambos com diversas edições revistas; O mundo em que vivemos: Ásia e África, em colaboração com Olga Alves Simões de Carvalho e Artur Anselmo (Lisboa, Verbo Juvenil, 1966); Mundos novos do mundo (Panorama da difusão, pela Europa, de notícias dos descobrimentos geográficos portugueses) (2 vols., 1972); Antecedentes da travessia de África (1981); postumamente, foram reeditados alguns outros estudos. No âmbito da história local/regional, a partir de 1975, realizou cerca de quinze estudos sobre Montemor-o-Novo, muitos deles publicados na coleção «Cadernos de História de Montemor-o-Novo» e tratando da história da Vila, de festas e feiras realizadas na região, do Arquivo Municipal e sua documentação, da história da arte do Alentejo. São os trabalhos de história religiosa, história cultural e história da educação que mantêm Banha de Andrade como um investigador imprescindível ao desenvolvimento de projetos atuais e futuros naquelas áreas.

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