Apresentou-se ao concurso de 1904 para o Curso Superior de Letras com o trabalho O Helenismo ou a persistência da cultura helénica através da civilização, onde se denota o seu apreço por temáticas de história clássica e por preocupações de cariz histórico-evolutivo da civilização, não só europeia, mas de toda a bacia do Mediterrâneo, incluindo a cultura árabe. A.F. viria a dedicar-se a temas mais recentes, com uma preocupação de justificação da nova realidade política saída do 5 de Outubro. Defendeu o processo evolutivo da Humanidade, que caminharia para a concretização de uma sociedade mais justa, representada no estabelecimento da democracia republicana. Por conseguinte, apresenta uma narrativa de carácter interventivo e, por vezes pessimista da História de Portugal. Desenvolveria as suas concepções historiográficas sobre a influência da perspectiva republicana e dos ensinamentos de Teófilo Braga, retomando o discurso crítico da historiografia liberal sobre a decadência do país e a propensão republicana para o estudo da história contemporânea. Seguindo a tradicional historiografia liberal e republicana, argumentava que Portugal vivia desde meados do século XVI uma profunda crise que se reflectia nos vários sectores da sociedade e havia provocado o processo de decadência que o país vivia na sua época. Traça as causas que desencadearam a crise do país com o início da Expansão. Esta visão pessimista da história é claramente influenciada pela obra de Oliveira Martins. Além disso, A. F. tem sempre em mente o desacelerar do processo evolutivo para a constituição de uma sociedade melhor, a partir de Quinhentos, num período de reforço do poder real, através da sujeição da nobreza e do controlo dos poderes municipais. Consequentemente, retoma a crítica feita ao Absolutismo, aos Bragança, referindo o período do marquês de Pombal como um interlúdio na decadência do país. Em A. F., o povo é determinante nos acontecimentos maiores da história portuguesa, mas também é visto como o receptáculo das “qualidades primaciais” da Nação, imbuídas de ideais liberais e democráticos e de patriotismo.

O seu pensamento historiográfico caracteriza-se por um difuso eclectismo ideológico, onde se verificam marcas da ideologia republicana, do positivismo, do evolucionismo e do pensamento de Karl Marx, que estruturam uma crítica do passado português e uma perspectiva teleológica dessa mesma história.

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