O novo clínico logo iniciou carreira no Posto Médico-Cirúrgico do Porto e no ano seguinte chegou mesmo a ponderar uma carreira académica na Academia Politécnica, todavia, acabou por os preterir em favor da carreira militar ingressando como cirurgião-ajudante do exército em Estremoz em 1883, com posteriores passagens pelo Porto e Pinhel e ascendendo às categorias de cirurgião-mor e de tenente-coronel. Paralelamente à clínica privada, à qual se dedicou grande parte da vida, Maximiano de Lemos deu continuidade às suas investigações histórico-médicas e fundou dois veículos para difusão das suas descobertas, estudos e conhecimentos, contando com reputados médicos nacionais como colaboradores: o Anuário dos Progressos da Medicina em Portugal (1883-1885) e os Arquivos da História da Medicina Portuguesa (1886-1920); particularmente este último que editou quase até morrer, constituindo duas séries de vinte volumes, surge como uma riquíssima colecção de documentos inéditos e importantes ensaios dos factos e figuras da História da Medicina nacional.

Finalmente em 1889, após aprovação em concurso público, Maximiano Lemos inaugurou a carreira como lente na sua escola de origem numa longa ligação com a Escola Médico-Cirúrgica: lente substituto da secção médica e lente proprietário da cadeira de Medicina Legal (1895), mas que só assumiu decorridos cinco anos regendo a de Patologia Geral. Este foi também o período mais fecundo da sua produção intelectual e científica, debruçando-se sobre variados temas de índole médica, crítico-literários, históricos, pedagógicos e traduções de obras de historiadores como Louis Blanc e François Guizot; colaborando com periódicos médicos, dirigindo a publicação da Encyclopedia Portugueza Illustrada e assinando as extensas biografias dos principais médicos portugueses de origem judia na época moderna.

Dos muitos organismos científicos e culturais a que pertenceu destacam-se a presidência da Sociedade de Medicina e Cirurgia do Porto, da Associação Médica Lusitana e da Associação de Jornalistas e Homens de Letras do Porto, tendo sido eleito sócio correspondente da Academia das Ciências de Lisboa, Sociedade Portuguesa de Ciências Naturais, Sociedade de Medicina e Cirurgia da Baía, Sociedade das Ciências Naturais de Leipzig ou a Sociedade Alemã de História da Medicina.

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