A publicação dos dois volumes da História da Medicina em Portugal: doutrinas e instituições em 1899 acabaria por consagrar o seu valor, cultura, erudição e pioneirismo na historiografia médica, figurando como a sua obra capital amplamente elogiada internacionalmente pela sua solidez e valor historiográfico por eminentes figuras do círculo, casos de Max Neuburger, Fielding Hudson Garrison ou George Sarton. Se na sua dissertação académica confessara as contingências de tempo para aprofundar a investigação histórica do tema, conservando magistralmente a sua linha conceptual historiográfica, estendia agora a sua erudição globalizante até inícios do século XX com a apreciação da muita documentação original que fora recolhendo nas suas lides intelectuais. Assim, naquela que é considerada a sua obra magna, procedeu a uma revisão e complemento dos rumos históricos da Medicina nacional, sob a mesma perspectiva polivalente dos seus estados e tendências ao longo dos séculos, procurando estabelecer um certo paralelismo com o quadro internacional para salientar o contributo dos portugueses cuja acção médica se centrara além-fronteiras.

Afectado por problemas de audição e colocado na reserva pelo exército em 1911, de imediato achou por bem retirar-se igualmente como professor na recém-fundada Universidade do Porto e suspendeu a carreira académica por cinco anos, até ao convite da sua Faculdade de Medicina para leccionar as cadeiras de História e Filosofia Médicas e a de Ética Profissional, tornando-se o primeiro professor catedrático de História da Medicina do país. Em 1918 o mesmo Conselho Escolar outorgou-lhe o grau de doutor em Medicina e nomeou-o para seu director assumindo tais funções até 1922, com uma breve passagem como vice-reitor da Universidade do Porto no ano precedente, jubilando-se meses antes do seu falecimento a 6 de Outubro de 1923. Em homenagem póstuma de 1933, o nome Maximiano Lemos foi atribuído ao recém-criado Museu de História da Medicina da Faculdade de Medicina do Porto como reconhecimento pelo seu valor insigne como intelectual, cientista e historiador da Medicina com uma bibliografia que ascende a cerca de 134 obras e ensaios publicados.

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