Filho de Joaquim Cândido de Almeida, comerciante, e de Maria Justina Lopes de Almeida, Manuel Lopes de Almeida completou o ensino secundário no Liceu de Santarém para matricular-se na Faculdade de Medicina da Universidade de Coimbra, vindo a transferir-se para a Faculdade de Letras, dado o seu interesse pela História, licenciando-se em Ciências Históricas e Geográficas em 1929, e obtendo o grau de Doutor em Ciências Históricas, em 1940, pela mesma Universidade, com uma valiosa dissertação intitulada Estudos de história da Restauração. I – Notícias da Aclamação e de Outros Sucessos. Entre 1927 e 1929 foi leitor de Português na Universidade de Hamburgo. Em 1930 integrou o corpo docente da Faculdade de Letras da Universidade de Coimbra, sendo promovido a Professor Catedrático em 1942 e atingindo a jubilação em 1970. A sua actividade docente ficou ligada a várias disciplinas, entre as quais, História Medieval, História Moderna e Contemporânea, História dos Descobrimentos e da Colonização Portuguesa, História Geral da Civilização, Arquivologia e seminário de História Moderna de Portugal.

Director da Biblioteca Geral da Universidade de Coimbra entre 1945 e 1970, a ele se deve a abertura do novo edifício, a renovação dos respectivos quadros de pessoal e a incorporação das bibliotecas do Visconde da Trindade, de Pedro de Moura e Sá, de Belisário Pimenta e de Octaviano de Sá. Durante a sua direcção realizou uma significativa obra editorial, cuja estrutura enforma o actual plano de publicações.

Tendo por mestres António de Vasconcelos, Gonçalves Cerejeira e Paulo Merêa, além de Joaquim de Carvalho, de Mendes dos Remédios, de Carolina Michaelis e de Eugénio de Castro, que lhe forneceram os métodos históricos da heurística e da hermenêutica, a par do saber filológico e literário, a sua sólida formação foi fundamental no exercício da investigação histórica. Foi secretário e colaborador da revista Biblos da Faculdade de Letras da Universidade de Coimbra; fundou, com a colaboração de Jorge Peixoto, o Arquivo de Bibliografia Portuguesa, essencial para a história das artes e dos ofícios, e participou na Monumenta Henricina, com o padre António Joaquim Dias Dinis e Idalino Ferreira da Costa Brochado. Para a editora Livraria Lello fez diversas introduções às obras de alguns dos clássicos nacionais, na colecção dos Tesouros da Literatura e da História, sendo de assinalar o seu contributo na História de Portugal, dirigida por Damião Peres.

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