Fez parte das seguintes instituições científicas: sócio efectivo do Instituto de Coimbra, do qual foi Director da Classe de Letras, Associação dos Arqueólogos Portugueses, Instituto Histórico e Geográfico de São Paulo, Academia de Artes e Letras de Roma, Academia Portuguesa da História e Academia das Ciências de Lisboa, da qual foi académico correspondente da Classe de Letras. Na Academia Portuguesa da História foi admitido em 18 de Junho de 1938, ascendeu a académico de Número em 19 de Março de 1945, ocupando a cadeira n.º 1, que pertencera a António de Vasconcelos, foi elevado a académico de Mérito em 21 de Novembro de 1975 e foi Presidente da Academia entre 1966 e 1972.

Com intervenção política durante o Estado Novo, foi nomeado, em 1934, Chefe de Gabinete do Ministro da Instrução Pública, em 1937 foi eleito deputado à Assembleia Nacional, e em Julho de 1940 foi nomeado Director-Geral do Ensino Superior e das Belas Artes e em Agosto desse ano, Subsecretário de Estado da Educação Nacional, cargo que exerceu até Fevereiro de 1945. Foi Ministro da Educação Nacional entre 4 de Maio de 1961 e 4 de Dezembro de 1962.

De mérito reconhecido, a vila de Benavente homenageou o filho ilustre atribuindo o seu nome a uma Avenida. Pela evocação do 1.º centenário do nascimento e do 20.º aniversário de falecimento, promoveu a Câmara Municipal de Benavente e a Academia Portuguesa da História, em 15 de Dezembro de 2000, uma homenagem em Benavente com a aposição de uma placa, oferta da Academia, no túmulo de Lopes de Almeida, no cemitério da vila, e com o descerramento de uma lápide comemorativa na casa onde nasceu, na Rua Dr. Manuel Velho Cabral Calheiros, seguida de sessão solene na Biblioteca Municipal, e de inauguração de uma exposição bibliográfica, em que foram oradores o Presidente da Câmara Municipal, o Presidente da Academia Portuguesa da História e o sobrinho Justino Mendes de Almeida, em nome da Família. O texto da lápide, proposto à edilidade e aos sobrinhos pelo Presidente da Academia, Joaquim Veríssimo Serrão, revela o prestígio do homenageado: “Nesta casa nasceu, em 16 de Agosto de 1900, o Professor Doutor Manuel Lopes de Almeida, que foi catedrático da Universidade de Coimbra, notável historiador e devotado Benaventense”. A 7 de Junho de 2000 lembrara a Academia o ilustre académico, tendo usado da palavra Justino Mendes de Almeida com a intervenção “Manuel Lopes de Almeida: Evocação do Mestre, Saudades do Homem”.

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