Preocupado com o destino dos seus livros, colecções de miscelâneas e de periódicos, confessou já perto do fim da vida nas páginas de O Conimbricense, que os desejava um dia reunidos na Biblioteca da Universidade de Coimbra ou na Biblioteca Nacional, não fosse um leilão «dispersar o fruto de tantas fadigas». Os seus receios viriam a verificar-se, o que foi lamentado por Henrique de Campos Ferreira Lima nas breves palavras com que abre o Catálogo da Importante Livraria que pertenceu aos falecidos Jornalista Joaquim Martins de Carvalho e General Francisco Augusto Martins de Carvalho com um prefácio de Henrique de Campos Ferreira Lima que há-de ser vendida em leilão no dia 29 de Fevereiro e seguintes de 1923 na Rua Corpo de Deus, 47, Coimbra, Coimbra, Imprensa da Universidade, 1923 (um conjunto valioso de obras não vendidas nesse leilão viria a ser incorporado por decisão da família na Biblioteca Universitária João Paulo II). Para além da vastíssima colaboração na imprensa, reveladora da extensão dos seus conhecimentos e rigor historiográfico, Joaquim Martins de Carvalho deu ao prelo duas obras do maior interesse para o conhecimento do século XIX português: Apontamentos para a História Contemporânea, Coimbra, Imprensa da Universidade, 1868 – cuja leitura deve ser complementada com a de «Apontamentos para a História Contemporânea» que Manuel Lopes de Almeida publicou no Arquivo Coimbrão (1968), e Os Assassinos da Beira – Novos Apontamentos para a História Contemporânea, Coimbra, Imprensa da Universidade, 1890.

J. Martins de Carvalho sustenta o antigo conceito de “história mestra da vida” (Apontamentos para a História Contemporânea, p.43). E, de uma perspectiva liberal, que foi sempre a sua, constrói uma narrativa detalhada dos acontecimentos políticos e militares que marcaram o Portugal oitocentista, reunindo informação relevante designadamente para o conhecimento da Inquisição, das sociedades secretas e da imprensa de Coimbra. Uma parte significativa dos seus escritos de imprensa inseriram-se nos planos de uma actuação cívica centrada, muito em especial, na defesa dos interesses de Coimbra, a qual pela sua importância teve reflexo e reconhecimento nacionais.

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