A partir daí, ministrou conferências, cursos, publicou diversos artigos na revista do Instituto, e apresentou trabalhos em eventos de História (IHGSP, 1994). Tornou-se ainda membro correspondente dos institutos históricos e geográficos de Minas Gerais e do Paraná. Em 1951, ano em que se tornou monsenhor, Paulo Florêncio da Silveira Camargo fundou o Instituto Paulista de História e Arte Religiosa. Sob o beneplácito do alto clero, o Instituto iniciou em 1952 e concluiu em 1953 a publicação da maior obra de Camargo, A Igreja na História de São Paulo (em sete volumes, com mais de 2.700 páginas, abrangendo o período de 1530 a 1851). Em 1955, foi lançado o livro História eclesiástica do Brasil, desta vez pela Vozes, editora também vinculada à Igreja Católica. O contexto era o das comemorações do IV Centenário da Cidade de São Paulo, quando a Igreja se empenhou consideravelmente para atrelar a imagem da instituição à história da capital paulista e do Brasil. Foi membro da comissão organizadora de tais comemorações, cujas celebrações religiosas contaram com ele, como sacerdote.

Historiador não acadêmico, Paulo Camargo pode ser definido como parte daqueles que, tal qual o monsenhor baiano Manoel de Aquino Barbosa (1902-1980), pertenceram à categoria especializada de trabalhadores intelectuais no clero brasileiro que se dedicaram à preservação da memória corporativa da igreja (S. Miceli, Fontes para o estudo da elite eclesiástica brasileira..., 1984, p. 53). Um dos defensores da ideia de que para conhecer a história do Brasil seria necessário saber da história da Igreja, Camargo buscou na historiografia portuguesa algumas de suas fontes para construir sua narrativa sobre o catolicismo brasileiro, através de autores como Simão de Vasconcelos, Serafim Leite, Miguel de Oliveira e Fortunato de Almeida. Com relação à colonização portuguesa, Camargo retratou como nefasta a expulsão dos jesuítas do Brasil, o que teria sido fruto de um absolutismo estatal sob o comando do Marquês de Pombal. O historiador descreveu de forma apologética a importância da Igreja na independência brasileira frente ao império português, ao destacar a participação de sacerdotes neste processo.

Camargo se firmou como historiador na era Getúlio Vargas (1930-1945), incluindo o Estado Novo, momento em que a Igreja recupera espaço perdido junto ao centro do poder, desde o fim do século XIX. O auge da produção deste pesquisador, em que escreve suas obras mais impactantes, foi entre 1945 e 1955. Em 1955, realizou-se o Congresso Eucarístico Internacional, no Rio de Janeiro. O ano também foi um marco para um processo interno de disputar políticas na Igreja, com a criação do Conselho Episcopal Latino Americano – CELAM. Este abriu caminhos para a constituição da Comisión para Estudios de La Historia de La Iglesia en América Latina (CEHILA), que a partir dos anos 1970 proporia uma produção historiográfica crítica, em que apresentasse a participação dos de baixo, em vez de a visão tradicional apologética que ressaltava grandes nomes, grandes eventos e escondia conflitos internos da Igreja (E. Dussel, Historia de la Iglesia..., 1972).

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