A obra impressa deixada pelo historiador abrange quase todos os ramos da literatura e colaborou em diversas revistas literárias. Poeta das Indianas e dos Novos Horizontes, é um contista nas suas Longínquas. Onde, todavia, se revela como ensaísta de valor é na sua História do Exército onde se situa como um historiador consciencioso e imparcial. Cristóvão Aires aliava ao seu espírito crítico a qualidade de infatigável investigador. Os volumes de Provas que documentam a sua História são fontes valiosas para os actuais investigadores. É, no entanto, de salientar a ausência de índices remissivos que facilitariam e valorizariam a consulta deste importante estudo.

A designação de história orgânica que surge na sua obra (História Orgânica e Política do Exército Português) foi proposta por uma autoridade governamental - o presidente do conselho de ministros, Serpa Pimentel (e simultaneamente ministro da Guerra) que, nos termos de uma portaria publicada numa ordem do exército nº 18 de 10 de Maio de 1890 a ela alude. Aí se afirmava a necessidade de uma “história escrita dos seus feitos gloriosos, da sua organização, da sua missão efectiva e brilhante no progresso material e moral do país” e, por essa razão, se tomou a iniciativa de “se elabora[r] uma história militar do país”. O conceito de história militar do autor remete pois para uma história orgânica e civilizacional das nações, dos países dos estados ou do desenvolvimento humano. Concebia assim a história militar como um sector da ciência histórica no seu sentido global, associando-se com outros ramos da história nomeadamente económica, social, religiosa e cultural . Conjuga-se pois com uma só história no plano científico ou, se o desejarmos, um dos sectores de uma globalidade.

Deve salientar-se que na enorme extensão da História Orgânica e Política do Exército Português, nos seus numerosos volumes oferece, nos seus tomos X a XIII, estudos inéditos de grande importância para o esclarecimento dos acontecimentos relacionados com as invasões francesas, que tiveram lugar entre 1801 e 1811, em território nacional, aí se ocupando dos mais diversos temas relacionados com a acção dos exércitos franceses e ingleses em Portugal.

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