Dirigia as obras do porto de Alcochete, quando foi atacado pela Malária, que o deixou temporariamente incapacitado e o levou a um retiro na Suíça, para completa recuperação. Foi por esta altura que iniciou os seus estudos mais aprofundados sobre a História de Portugal e, nomeadamente, a História dos Descobrimentos. Interessou-se, sobretudo, pelos fundamentos científicos das navegações portuguesas, colocando a tónica no desfazer da lenda criada por Alexander Humboldt, algumas décadas antes, de que o saber náutico português de quinhentos tinha origem alemã e chegara a Lisboa com o alemão Martin Behain, que para ali levara o conhecimento e os livros de Regiomontano.

Joaquim Bensaúde seguia assim o trilho traçado nos anos quarenta do século XIX, pelo Visconde de Santarém, quando publicou as Recherches sur la priorité de la découverte des Pays sur la côte Occidental d’Afrique. Contudo, o cerne das suas investigações situar-se-ia na história da ciência náutica, propriamente dita, tomando como ponto de partida um texto náutico português, do século XV, que encontrara na Biblioteca Municipal de Munique. Em boa verdade – como o próprio nos diz –, os seus estudos começaram pouco depois de 1890, quando tomou contacto com os estudos de Meyer Kayserling e, sobretudo, de Moritz Steinschneider (Die Hebräischen…, 1893), que o alertaram para a obra de Abraão Zacuto e de outros astrónomos judeus da Península Ibérica. E ao associar estes estudos com o documento que encontrou em Munique desenvolveu a ideia de que o conhecimento náutico português, do período da Expansão, tinha origem diferente da que anunciara Humbold, permitindo-lhe contestar de forma categórica a sua teoria com a publicação, em 1912, do estudo L’Astronomie Nautique au Portugal a l’Époque des grandes Découvertes.

Basicamente, Bensaúde provou que a documentação náutica portuguesa do final do século XV e princípio do XVI, nomeadamente as tábuas solares e a técnica da sua utilização para o cálculo da latitude no mar, nada tinham a ver com os trabalhos de Regiomontano, nem tinham chegado à Península pela mão de Martin Behaim. O texto de Munique – hoje conhecido como Regimento Náutico de Munique – é o mais antigo documento náutico português impresso, e as tábuas solares, nele contidas, têm origem no Almanach Perpetuum de Abraham Zacuto, traduzido de hebraico para latim por José Vizinho e publicado em Leiria no ano de 1496. E isso coloca-as numa tradição astronómica ibérica, de origem árabe, que passou pela corte de Afonso X e chegou ao século XV pela via de astrónomos peninsulares, alguns deles de origem judaica, que tiveram assento na corte de D. João II.

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