Defensor do ideário republicano e amigo pessoal de Brito Camacho, a viragem de regime político deu início a futuras perseguições políticas de que seria alvo pela sua reconhecida oposição ao novo regime autoritário, restringindo a intervenção cívica e, consequentemente, a dimensão da obra intelectual e cultural de José de Bragança. Não só se foi deparando com sérias dificuldades em dar à estampa os seus manuscritos, como a sua participação em organismos académicos e culturais foi sendo vetada, factos que alimentaram um sentimento pessoal de ostracização pública até ao final da vida.

Nos primeiros meses de 1935, contando ainda 42 anos de idade, publicou no Diário de Notícias quatro artigos com o título “História da história”, que constituíram a sua primeira polémica no cenário histórico pelas considerações defendidas. Após o estudo e análise em Espanha e França das crónicas medievais castelhanas, comprovou que a Crónica Geral de Espanha de 1344 era indubitavelmente de origem portuguesa, argumentando que se tratava de uma recompilação parcial da crónica do condestável D. Pedro, recuando assim aos primórdios da historiografia nacional. Enquanto as provas apresentadas mereceram a validação dessa tese histórico-linguística junto da comunidade científica internacional, caso de Ramón Menéndez Pidal, em Portugal só em finais dos anos 40 o Instituto para a Alta Cultura se decidiu a encomendar a revisão e edição dessa valiosa crónica histórica ao jovem bolseiro Lindley Cintra, que a corroboraria como obra do conde Pedro Afonso. Ainda no domínio da filologia aplicada à historiografia surge também entre os primeiros historiadores a contestar a plena autoria de Fernão Lopes na redacção das crónicas reais da Dinastia de Borgonha anteriores a D. Pedro I, enquanto procedia ao estudo, revisão e edição crítica das crónicas de Duarte Galvão, Rui de Pina e Gomes Eanes de Azurara.

O nome de José de Bragança como historiador de arte ficaria associado à profunda investigação histórica e artística ao longo de vários anos dos ditos “Painéis de São Vicente”, conquistando um papel entre os protagonistas na célebre “Questão dos Painéis”. Por volta dos anos de 1940, reivindicou que os dois trípticos constituiriam um políptico de seis quadros, na sua óptica alvo de um restauro equívoco e insincero de Luciano Freire, que acusa mesmo de deturpar algumas das figuras representadas, ilustrando uma devoção ao infante mártir D. Fernando.

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