Relativizando o balanço de quem foi ministro do Marquês em tempos da ruptura com a Santa Sé, e ilibou da censura ou da proibição muitas obras condenadas por Roma, Marcadé absolve-o das acusações de jansenismo e/ou galicanismo. Debruça-se sobre as visitas pastorais, comentadas por Cenáculo num minucioso Diário, e que privilegiam uma melhor exploração dos recursos agrícolas; sobre a actividade caritativa do prelado com os deserdados; sobre o seu papel de protector dos clérigos e mesmo dos seculares fugidos da Revolução Francesa; sobre o seu envolvimento na formação e instrução de futuros párocos, com a criação da escola eclesiástica de Beja, apoiada num plano de estudos inovador, e já bem semelhante a um Seminário. Também é lembrada por Marcadé a notável, embora dispendiosa bibliofilia de Cenáculo, que dará lugar, com varias peças das suas preciosas colecções arqueológicas e numismáticas, a doações post mortem à Biblioteca Pública da Corte, futura Biblioteca Nacional de Lisboa, e à Biblioteca da Academia das Ciências.

Parte da produção de Jacques Marcadé tanto serviu para a preparação do Doutoramento como deu lugar a estudos posteriores, segundo duas orientações lógicas, sociologia - religiosa e não só -, e doutrina espiritual. Une comarque portugaise – Ourique - entre 1750 et 1800 (1971) é um nutrido estudo de história regional, que parte da análise da propriedade para classificar as entidades sociais, a nobreza terratenente, ligada ou não às Ordens militares, os ‘lavradores’ ricos («capitalistas rurais »), os seareiros, os jornaleiros, e, até 1773, os escravos. Depois é a vida religiosa que retém a atenção de Marcadé, que desmitifica as contagens tanto do Voyage du ci-devant duc de Châtelet como de Balbi, chegando à conclusão que o clero só representa 1,2% da povoação da comarca. No fim a monografia considera a vida económica, utilizando as respostas fornecidas pelas paróquias ao questionário elaborado para o Dicionário geográfico.

Em Le jansénisme au Portugal (1980), Jacques Marcadé estima que a influência do pensamento de Jansen foi limitada no Portugal setecentista, e que houve uma confusão entre essa corrente e o anti-jesuitismo ligado à política de Pombal contra a Companhia, e à preferência dada à Congregação do Oratório. Faz um levantamento exaustivo da presença de Portugal nas jansenistas Nouvelles ecclésiastiques, pouco significativa a não ser a referência à publicação da tradução do Catéchisme de Montpellier e ao sucesso que tem o livro, como também à produção de António Pereira de Figueredo, e mais particularmente à sua Demonstração Theologica [...] do direito dos Metropolitanos de Portugal para confirmar e mandar sagrar os Bispos suffraganeos nomeados pela Sua Magestade, de 1769. Marcadé evoca novamente Cenáculo, cuja posição regalista de raiz galicana seria nele a única marca, relativa aliás, de jansenismo. E afinal, apoiando-se em António Coimbra Martins, define esse movimento, como, de facto, um aspecto da última fase das Luzes.

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