Fernando Antônio Novais nasceu em Guararema, cidade do interior do estado de São Paulo em 1933. Graduou-se em História pela Universidade São Paulo, onde também desenvolveu sua carreira de professor e pesquisador entre 1957 e 1986. Foi, inicialmente, assistente da Alice Piffer Canabrava (1911-2003) na cadeira de História Econômica Geral e Formação Econômica do Brasil da Faculdade de Ciências Econômicas e Administrativas, então recém-criada na USP. Mas foi na cadeira de História Moderna e Contemporânea do departamento de História da USP, sob orientação de Eduardo D’Oliveira França (1917-2003), que desenvolveu suas pesquisas atendendo às intenções da cadeira de perscrutar as articulações entre a história do Brasil e a história europeia, notadamente a história de Portugal.

Entre 1958 e 1964, integrou o grupo de pesquisadores que formou o Seminário Marx, junto com intelectuais como Bento Prado Jr, Fernando Henrique Cardoso, Roberto Schwarz e José Arthur Giannotti. Desta forma, em sua formação entroncaram-se uma refinada leitura e interpretação de Marx com os influxos da longa duração proposta pelos Annales, estes últimos bastante influentes nos primeiros passos dados pela historiografia uspiana nos anos 30 e 40. Mas suas leituras ultrapassavam em muito os possíveis limites colocados pela urgência de explicar a inserção do Brasil no capitalismo mundial e da longa duração. Indagado por esta biógrafa sobre suas leituras de José Ortega y Gasset (1883-1955), dado que logo na Introdução de sua tese de Doutorado, quando afirma que o estudo das transições em História é fundamental, reporta-se ao espanhol, respondeu rapidamente: “Ortega escreveu a melhor definição marxista de História, qual seja, homem não tem natureza, tem História”. Desta forma, movimentando-se entre leituras de Karl Marx (1818-1883), Fernand Braudel (1902-1985) e José Ortega y Gasset, e acompanhando a orientação de Oliveira França, em sua busca pelas articulações entre a história de Portugal e a experiência brasileira, fato que aproximava de autores como Jaime Cortesão (1884-1960), Vitorino Magalhães Godinho (1918-2011) e Joaquim Barradas de Carvalho (1920-1980), Fernando Novais elaborou o conceito de Antigo Sistema Colonial, fundamental no debate historiográfico sobre os sentidos da colonização e da independência do Brasil.

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