Em respostas aos seus críticos, que procuraram razões conjunturais para a abertura dos portos e a independência do Brasil (Valentim Alexandre, 1942-), que relevaram os aspectos de interiorização presentes no processo de colonização brasileira desde os seus primórdios (João Fragoso, 1959-), ou ainda que consideraram os poderes do Rei distantes demais das muitas partes do Império português e, por isso, pouco eficazes na formação de empresas coloniais (António Manuel Hespanha, 1945-), Fernando Novais observou dialeticamente que a colônia, sendo prolongamento da Metrópole, seria, também, e especialmente, a sua negação, fato que explicaria processos endógenos e as condições de privacidade na vida dos colonizadores e das gerações que se sucediam e se movimentavam pelos vastos brasis, criando circunstâncias não previstas nos motivos originais da colonização.

Fernando Novais aposentou-se da USP em 1986 e começou a lecionar no Instituto de Economia da Universidade de Campinas (UNICAMP), onde permaneceu até 2003. Continua, porém, como professor do Programa de Pós-graduação em História Econômica do departamento de História da USP. Foi, também, ao longo da sua profícua carreira, professor na Universidade do Texas, na Universidade de Paris, na Universidade de Lovaina, na Universidade de Coimbra e na Universidade de Lisboa. Em Dezembro de 2006 recebeu o título de Professor Emérito da Faculdade de Filosofia, Letras e Ciências Humanas da Universidade de São Paulo. Neste século XXI dedicou-se a revisitar a Nova História e os desdobramentos do tema da longa duração e dos novos desafios colocados pela história cultural, em face dos debates decorrentes de embates historiográficos acerca dos sentidos do estruturalismo e da construção da narrativa. Na senda aberta por esta que parece ser uma preocupação em revisitar a sua trajetória como historiador, organizou dois livros em parceria com um dos muitos doutores que formou, Rogério Forastieri da Silva, intitulados Nova História em Perspectiva. Segue lendo e promovendo polêmicas, como se espera dos grandes historiadores.

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