Não obstante, Brito Rebelo foi um dos investigadores que mais contribuiu com documentação histórica para esse projecto, sendo as suas transcrições paleográficas caracterizadas pelo rigor e acompanhadas de notas eruditas. Desse trabalho desenvolvido na Torre do Tombo surgiram igualmente preciosas achegas para a história dos descobrimentos portugueses, e que foram bastante úteis à prossecução das suas investigações paralelas, mas também aos trabalhos de Ernesto do Canto que tentava mostrar a importância estratégica dos Açores nas navegações para Ocidente.

Atento ao panorama historiográfico nacional e internacional da época, Brito Rebelo revelou-se um crítico acérrimo de investigadores, tanto amadores como consagrados. Divergiu de Teófilo Braga por ter seguido erradamente e sem exame prévio nas fontes – o que acontecia com frequência – a versão proposta pelo visconde de Juromenha a respeito do navio que trouxe Luís de Camões para o Reino em 1570. A figura de Gil Vicente originou mais um caso de discórdia com o seu “amigo e patrício” que teve de “combater”, conforme revelou a Ernesto do Canto, de quem esperava ouvir uma opinião. É que Teófilo Braga continuava a defender que o poeta Gil Vicente e o ourives Gil Vicente eram a mesma pessoa, isto passados vinte anos após Camilo Castelo Branco e Brito Rebelo terem impugnado aquela ideia apoiados em genealogistas e diversos documentos arquivísticos. Ademais, Brito Rebelo discordou que Gil Vicente tivesse querido ofender Garcia de Resende quando num trecho poético das Cortes de Júpiter se referiu ao mesmo dizendo que estava “Feito peixe tamboril, E inda que tudo entende, Irá dizendo por ende: Quem me dera um arrabil” (Ementas […], II, 1902, p. 23), quando se trataria apenas de um trecho singelo e notável.

Porém, a crítica mordaz que o nosso biografado lançou fora dirigida a Oliveira Martins, por se deixar levar pela fantasia fugindo ao rigor histórico e documental. Na verdade, inserido na corrente historiográfica dita positivista, Brito Rebelo destacou-se por um trabalho de revisão histórica e desmistificação em torno de ideias feitas sem suporte documental como aconteceu no caso da Escola de Sagres – tema polémico e que havia de se prolongar no tempo. Se, por um lado, Brito Rebelo elogiava e inspirava-se no trabalho que Alexandre Herculano havia desenvolvido ao dissipar outras lendas da história nacional criadas ao longo dos tempos, por outro, considerava que muito ainda estava por fazer.

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