Com efeito, em 1894, ano do V centenário das comemorações do nascimento do Infante D. Henrique, escreveu um artigo para a revista Ocidente onde contrariou não só a ideia de ter sido em Sagres a localização da vila fundada pelo Infante na costa algarvia, bem como a fantasiosa existência de uma escola nesse mesmo local onde se reuniam sábios, cosmógrafos e matemáticos que auxiliavam no desenrolar das navegações henriquinas. Noutro estudo, mas continuando na senda do “paiz das fabulas e do romance”, Brito Rebelo considerou lendária a figura de D. Fuas Roupinho e inverosímeis as suas batalhas navais, de que não subsistia “o mais ténue vestígio nos escritores árabes ou cristãos contemporâneos desses pretendidos feitos heróicos” (Livro […], 1903, p. XII).

Embora a sua firme posição historiográfica Brito Rebelo não deixou de revelar a sua humildade como investigador e de salientar possíveis erros nas suas interpretações, como podemos verificar na advertência feita ao Livro de Marinharia de João de Lisboa ou na seguinte passagem: “O desejo de restabelecer a verdade é o que nos tem guiado em nossos trabalhos; se acertámos em alguma coisa, satisfação é para o nosso coração; se errámos, desculpem-nos os que nos lerem, mas levem-nos em conta, que, seguindo a divisa do grande infante, – cuja vida e acções temos a peito pôr em relevo, desembaraçando a dos sonhos que até tem dado ensejo a considerarem o mal, – apenas nos move o – talent de bien faire” (“Villa do Infante”, 1894, p. 71).

É de salientar os imensos contactos que o historiador micaelense estabeleceu com outros investigadores reputados na sua área de interesse conforme revela a correspondência trocada com Ernesto do Canto. De facto, as dezenas de anos que passou na Torre do Tombo e os conhecimentos adquiridos sobre a documentação ali existente fizeram com que fosse bastante solicitado pelos indagadores históricos. Os seus apontamentos e cópias ficaram célebres de tal modo que alguns deles foram adquiridos pela Biblioteca Nacional. Toda essa actividade de investigação permitiu o estabelecimento de contactos com arquivos estrangeiros e a troca de correspondência com vários investigadores estrangeiros de nomeada, com especial destaque para Henry Harrisse, Henri Vignaud e Konrad Haebler, personalidades com quem discutia temas historiográficos ligados às navegações portuguesas.

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