Esta popular coleção de divulgações científicas permitiu então a Flausino Torres publicar quatro livros, sobretudo os dedicados aos estudos dos “primitivos” (Civilizações Primitivas, 1943; Religiões Primitivas, 1944, Sociedades Primitivas, 1946), e também sobre a Antiguidade (O Mundo Mediterrânico do século XII a.C. ao século III d.C,1945). Também publicou quatro volumes na coleção “Construindo” onde se interessou mais pelas raízes do comércio (Primeiras sociedades comerciais, 1946; Primeiro Império Comercial, 1946). Em ambas coleções, os livros de história têm em comum a marca nítida de uma linha intelectual: a escrita da história marxista. Com esses livros, Flausino Torres aproveitou o ensejo para tentar mostrar como as ideias marxistas podem fornecer uma relevante grelha de análise, até para sociedades remotas. Podemos comprovar essa ideia na introdução de um desses livros onde diz “Os problemas sociais têm sido, desde sempre, de importância primordial. Vê-lo-emos através da evolução da Humanidade, que vamos desenhar e que abre com este volume. A história do Homem é a história das lutas sociais. O lugar que o económico e o social ocupam na luta diária tem sido até hoje quási absorvente. As preocupações científicas, artísticas, religiosas, filosóficas e outras têm sido sempre condicionadas por aquelas” (Civilizações Primitivas, 1944, p.6). O próprio Flausino Torres nunca negou escrever uma história claramente comprometida, mas não esquecendo exercer o seu juízo crítico.

Deixou subitamente Lisboa em 1947, ao herdar uma quinta em Tondela. Volta exclusivamente para sua atividade de professor do ensino secundário, agora no Colégio Tomás Ribeiro em Tondela, ao mesmo tempo que escreve com certa frequência em revistas e jornais da oposição como Ver e Crer, a República e Independência de Águeda. Segue escrevendo também para revistas científicas onde desenvolve a sua visão da história, opondo-se com outros historiadores portugueses. Assim, na Revista de Economia faz uma recensão crítica do História Económica e Social da Expansão Portuguesa do Vitorino Magalhães Godinho onde critica a escassez de tratamento dos humildes sobretudo para um livro que pretende fazer uma história social. Pergunta «porque é que ao referir-se a Ceuta nada diz acerca das classes dominadas nem da situação em que se encontram em relação à burguesia comercial da cidade» (Revista de Economia, Volume I, Fascículo II, 1948, p.112) e também «fala constantemente em «burgueses», «cavaleiros», «nobres», «gentilhomens», «povo»; porque não define o que deve entender-se por isto?» (Ibdidem, p.113).

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