Porém, cinco anos antes, quando contava já 35 anos de idade, inaugurava verdadeiramente a sua obra historiográfica com a publicação de 1809: o Pôrto sob a segunda invasão francesa, que lhe granjeou uma certa projecção pública como investigador e erudito na área da História. Os ecos na imprensa enalteceram a monografia e o seu autor pela extensiva pesquisa documental, muita dela inédita dos fundos manuscritos da Biblioteca Pública e Arquivo Histórico da Câmara Municipal do Porto, a inteligente erudição histórica e a rigorosa imparcialidade científica na reconstituição das invasões napoleónicas ao território nacional e os seus efeitos sobre a cidade e a região norte durante essa segunda campanha militar. De facto, em 1930, a sua reputação de investigador firmava-se com dois novos marcos: o estudo Alguns documentos inéditos sobre Uriel da Costa anunciava novos factos biográficos sobre o famoso filósofo judeu-novo portuense e nas páginas de O Primeiro de Janeiro deu início à rubrica semanal Falam velhos manuscritos…, que manteve até ao final da vida, perfazendo cerca de 1 500 artigos de índole histórica, cultural e artística versando o Porto e diversos aspectos da história portuguesa.

O encerramento da 1.ª Faculdade de Letras no Verão de 1931 gorou as suas expectativas de continuidade na docência universitária, obrigando Magalhães Basto a exercer como professor liceal em colégios privados da cidade, mas não a sua dedicação a novas temáticas de investigação históricas, cada vez mais centradas no espaço portuense, com a designação para conservador e chefe do cartório da Santa Casa da Misericórdia do Porto (1933) e de chefe da secção de manuscritos e reservados da Biblioteca Pública Municipal do Porto (1934-1938).

Em particular nesta última, a elaboração dos Catálogo do Fundo Azevedo e Catálogo dos Manuscritos Ultramarinos ofereceram-lhe o acesso e conhecimento de um riquíssimo espólio de documentação sobre a história nacional e local, incluindo muitas crónicas medievais então inéditas, que constituiria muito do suporte para a sua futura produção historiográfica. Precisamente, em 1934, publicava a História da Santa Casa da Misericórdia do Porto, estudo de caso da instituição portuense que consagrava as suas qualidades como historiador e evidenciava algumas das influências na maturação do seu pensamento e modelo científico.

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