Quanto ao seu projecto áureo de escrever uma história da cidade do Porto, remetido o convite pela vereação em 1952, apenas lhe foi possível esboçar provisoriamente a sua estrutura perante os problemas de saúde que o afectavam, obra que Damião Peres e António Cruz retomaram em sua memória uma década depois.

O seu legado historiográfico sobre a cidade do Porto e as crónicas medievais mantêm-se ainda como marcos de referência para estudos coevos, quer pela qualidade da sua erudição científica, quer pela receptividade conquistada junto do grande público, ao apreender a importância de meios como a imprensa, a rádio e as associações culturais na divulgação e destaque da História. Coube a Luís de Pina prestar o mais merecido tributo de homenagem ao ímpar historiador portuense: «Morte irreparável esta por algumas gerações, cronista-mor do Porto e guarda-mor da Torre de toda a sua tradição… Magalhães Basto biografou opulentamente o seu Porto e, com isso, emendou ou acrescentou muitas páginas à História de Portugal.» (Memor Beneficii, 1961, p. 5).

Bibliografia activa: “A fronteira hispano-portuguesa (ensaio de geografia política)”, O Instituto: revista scientífica e literária, Coimbra, vol. 70.º, 1923, pp. 57-225; 1809: o Pôrto sob a segunda invasão francesa, Lisboa, Empresa Literária Fluminense, 1926; “Alguns documentos inéditos sôbre Uriel da Costa” e “Novo documento inédito sôbre Uriel da Costa”, O Instituto: revista scientífica e literária, Coimbra, vol. 79.º, 1930, pp. 1-20; História da Santa Casa da Misericórdia do Porto, 1ª ed, Porto, Santa Casa da Misericórdia, 1934; Relação ou crónica breve das cavalarias dos doze de Inglaterra, Porto, Imprensa Portugueza, 1935; "Vereaçoens": anos de 1390-1395, o mais antigo dos livros de Vereações do Município do Porto existentes no seu arquivo, Porto, Câmara Municipal do Porto, 1937; Fernão Lopes: suas crónicas perdidas e a crónica geral do reino, Porto, Progredior, 1943; Crónica de cinco reis de Portugal: inedito quatrocentista reproduzido do Cód. 886 da Biblioteca Públ. Municipal do Pôrto, seguido de capítulos inéditos da versão portuguesa da Crónica Geral de Espanha e outros textos, Porto, Civilização, 1945; Cronistas e crónicas antigas: Fernão Lopes e a “Crónica de 1419”, Coimbra, Imprensa da Universidade, 1959; Estudos Portuenses, 2 volumes, Porto, Biblioteca Pública Municipal do Porto, 1962-1963.

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