João Augusto Marques Gomes, filho de Francisco Tomé Marques Gomes e de Ana Cândida Barros de Almeida, nasceu na freguesia de Vera-Cruz, em Aveiro, a 6 de Fevereiro de 1853. Estudou no então Liceu Nacional de Aveiro. Foi escriturário no Governo Civil de Aveiro, todavia não se empenhou numa carreira na administração pública, uma vez que, segundo ele, necessitava do seu tempo para se ocupar pelo estudo da história da arte, do qual era um entusiasta. Esse entusiasmo advinha, em parte, dos variados documentos e obras historiográficas deixadas pelo seu pai e pelo seu avô e que podem ter contribuído para o seu interesse pela História. Também foi jornalista tendo, para o efeito, iniciado a sua actividade no seu distrito natal – Aveiro publicando crónicas. Foi colaborador efectivo do Distrito de Aveiro e O Campeão das Províncias tendo também colaborado noutros periódicos.

O seu primeiro estudo histórico relevante foram as Memórias de Aveiro, publicadas quando tinha 22 anos (1875). Aliás Marques Gomes sempre evidenciou grande preocupação com a história da sua cidade natal e com a sua memória. Nesta obra são evidenciadas duas grandes linhas de força: decadência e progresso de Aveiro ao longo dos séculos, pois Aveiro teria acompanhado sempre os momentos de crise e de prosperidade que Portugal atravessou ao longo da sua história, marcados porém, pelas crises que a Europa também passou (queda do Império Romano, consequências das lutas travadas entre Cristãos e Árabes na Península Ibérica). Não obstante, Aveiro começou a ganhar importância (apesar de efémera, segundo o próprio) durante o reinado de D. Dinis e do seu filho D. Afonso IV pelos privilégios doados pelos monarcas aos aveirenses (Memórias de Aveiro, 1875, pp. XI-XIII).

A cidade de Aveiro, isto é, sua história e memória local, foram uma constante durante a carreira de Marques Gomes tal como a importância que deu a cidadãos aveirenses que se tornaram ilustres nos seus combates pela liberdade associando Aveiro a épocas de progresso da história de Portugal. Entre esses cidadãos ilustres Marques Gomes destaca a figura de José Estevão à qual dedica uma pequena súmula biográfica aquando do primeiro centenário do seu nascimento (José Estevão, 1909).

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