A sua atividade historiográfica integra-se num quadro internacional marcado pela intensificação de estudos sobre a arte do início do renascimento europeu e pelas teses que visavam afirmar as especificidades e autonomia das “escolas locais” face à afirmada escola italiana, e teve duas grandes fontes de influência: o Positivismo, principalmente a corrente defendida por Hippolyte Taine, assente na ideia de que as condicionantes de raça, meio e momento tiveram fortes implicações no surgimento e desenvolvimento dos fenómenos humanos, entre eles o artístico; e as teorias defendidas por Louis Courajod e seus discípulos que, desenvolvendo as ideias anunciadas por Taine, construíram uma visão historiográfica firmada no estudo dos fatores raciais e das especificidades locais como determinantes dos estilos artísticos, de que resultou a identificação de inúmeras escolas artísticas que, integradas em contextos mais alargados, apresentavam singularidades merecedoras de serem estudadas e valorizadas. Simultaneamente, Figueiredo revela-se atento ao renovado interesse pelas artes ditas “menores” (artes decorativas), que desde finais do século XIX começavam a ser estudadas em profundidade e integradas na historiografia da arte. Neste campo, interessou-se pelas relações de contacto entre a arte portuguesa e a arte do “além-mar”, sobretudo em expressões como a cerâmica, mobiliário, ourivesaria, tapeçaria, etc. Refira-se ainda que os temas abordados ao longo da sua carreira refletiram as necessidades de estudo das coleções em crescimento do MNAA, e das inúmeras pinturas antigas que, provenientes de várias outras instituições, iam dando entrada na oficina de restauro do museu para serem intervencionadas.

Quanto aos aspetos metodológicos gerais da sua obra, verifica-se a sua vinculação a um modus operandi fundamentado na intuição (qualidade que entendia ser essencial para um historiador de arte) e marcado pela desconfiança em relação aos recursos documentais como fontes privilegiadas do fazer historiográfico. Esta atitude empírica, que o aproximava da atividade do connoisseur e das correntes atribucionistas, assentava nos pressupostos de que o documento principal para o estudo das obras de arte e da sua história deveria ser sempre o próprio objeto, cuja análise das suas características formais individuais, através de comparações, agrupamentos, etc., só um historiador sensível e com uma vasta cultura artística conseguiria fazer com eficácia. Só depois deste estudo preliminar empírico e intuitivo, os resultados deveriam ser confrontados com informações existentes em fontes documentais primárias e secundárias, confirmando-se ou refutando-se as primeiras conclusões. Este método valeu a José de Figueiredo acusações de tender a manipular os seus estudos de modo a obter resultados previamente pretendidos, críticas essas que foram não só proferidas pelos seus detratores, mas também por figuras que lhe eram próximas, como Joaquim de Vasconcelos.

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