É nesse período dos anos 1950 e 1960 que vai desenvolver uma atividade científica muito intensa e sempre sobre temáticas ligadas a história do império português. Não podemos escapar ao facto de Alexandre Lobato ser um historiador ideologicamente próximo do regime e até por ele apoiado e subsidiado. Trabalhou para o Ministério do Ultramar e foi membro da União Nacional. O seu livro História do Presídio de Lourenço Marques, escrito em 1949, tem um prefácio de Marcelo Caetano. Muitos dos seus livros foram publicados pela Agência Geral do Ultramar, onde podemos ler logo depois do título “esta publicação foi autorizada por despacho da Sua Excelência o Ministro”. Até no prefácio de um desses livros agradece a Sarmento Rodrigues, então Ministro do Ultramar (A Expansão portuguesa em Moçambique de 1498 a 1530, Livro I, 1954, p.13).

Esta sociabilidade administrativamente e ideologicamente ligada ao Estado Novo levou-o a escrever em várias obras sobre o indissolúvel vínculo de Portugal às colónias, em que acreditava fervorosamente. Mas mesmo nos livros em que defende o império, tem consciência que é partidário: apontou no prefácio do seu Sociologia política da expansão e outros ensaios, de 1957, que “claro que as páginas seguintes traduzem um ponto de vista meramente pessoal” (p.7) mas para ele “os fenómenos coloniais da hora presente exigem de nós portugueses a obrigação de defender com verdade e coragem as atitudes claramente sãs que Portugal manteve e mantém no Ultramar” (ibidem, p. 7 e 8). É então perante as vicissitudes da posterior história portuguesa inserida no contexto da descolonização que Alexandre Lobato decidiu optar pela defesa de Portugal.

Para ele, a história da colonização de Portugal foi a de um povo português que não chegava como conquistador “a não ser por ofensa prévia a justificar uso da força, mas com a cordialidade necessária ao estabelecimento de relações amigáveis” (ibidem, p.14). Em consequência, os portugueses “incutiram na alma negra o respeito a certos princípios do estilo europeu quanto a liberdades individuais, direitos de evangelização, e fé no cumprimento dos contratos” (ibidem, p.15). Alexandre Lobato desenvolveu em diversos trabalhos uma imagem totalmente idealizada dos portugueses; são os outros povos europeus que fizeram voltar a colonização que tinha desaparecido com o fim do império romano, os portugueses eram pacíficos, integravam-se bem e só queria espalhar a fê cristã.

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