Além de diversos cargos de responsabilidade científica e administrativa na Faculdade de Ciência Sociais e Humanas e na Universidade Nova de Lisboa, de que se destaca o de Vice-Reitor (1991-1995), foi ainda Coordenador da Comissão para a Reforma e Reestruturação do Arquivo Nacional da Torre do Tombo (1986-1988), Presidente do Instituto Português de Arquivos (1988-1990), Director do Instituto dos Arquivos Nacionais / Torre do Tombo (1996-1998) e Vice-Presidente do Conselho Superior de Arquivos (1999). Foi Académico de Número da Academia Portuguesa da História e membro da Academia das Ciências de Lisboa. Entre os vários prémios científicos e culturais que recebeu contam-se o Prémio Augusto Botelho da Costa Veiga da Academia Portuguesa da História (1982), o Prémio Alfredo Pimenta (1985), o Prémio de Ensaio do Pen Clube (1986), o Prémio Pessoa (1987), o Prix Böhus-Szögyény da Confédération Internationale de Généalogie et d’Héraldique (1991) e o Prémio da União Latina (2007).

Como historiador e homem de cultura, José Mattoso possui uma vastíssima obra, editada em Portugal e no estrangeiro, com mais de cinco centenas de títulos publicados, entre livros, opúsculos, artigos, comunicações a congressos e colaborações em obras colectivas. A História de Portugal (1993) que dirigiu, editada inicialmente pelo Círculo de Leitores em oito volumes e com uma “edição académica” da Editorial Estampa, da qual escreveu partes substanciais do primeiro e do segundo volumes, é uma obra monumental que constitui uma referência incontornável no panorama da historiografia portuguesa do final do século XX. De facto, a nova visão da nossa história proposta por José Mattoso, sobretudo no que respeita ao período medieval, constitui uma abordagem simultaneamente rigorosa – porque solidamente alicerçada nas fontes históricas e nas mais modernas metodologias e técnicas de análise – mas também questionadora dos factores e dos processos conducentes à formação e autonomia do reino português. Para além da história social, política e cultural, na sua acepção mais ampla, é o lento processo de construção da identidade nacional que Mattoso analisa e interpreta. Sobretudo nos seus livros Ricos-Homens, Infanções e Cavaleiros (1 ª ed., Guimarães Editores, 1982) e Identificação de um País (1ª ed., Editorial Estampa, 1985), o Autor estuda os factores de diferenciação de Portugal no quadro dos reinos cristãos peninsulares da época medieval, bem como as razões que viabilizaram e “compuseram” um país marcado à partida por fortes contrastes regionais, históricos e culturais ainda hoje determinantes, mesmo quando ocultos.

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