Filho do historiador António Gonçalves Mattoso, fez os seus estudos secundários nos liceus Rodrigues Lobo, em Leiria, e Gil Vicente, em Lisboa. Concluiu o Curso de Filosofia e Teologia dos Seminários no mosteiro beneditino de Singeverga (1951-1957), onde ingressara com 17 anos, e o Curso de Sciences Historiques da Faculdade de Filosofia e Letras da Universidade Católica de Lovaina (1957-1960), aqui tendo obtido a licenciatura com a tese L’Abbaye de Pendorada des origines à 1160, que teve a mais alta classificação. Nesta mesma Universidade obteve o doutoramento (1966), com uma dissertação intitulada Le monachisme ibèrique et Cluny. Les monastères du diocèse de Porto de l’an mille à 1200, dirigida por Léopold Genicot e editada originalmente em 1968, em Lovaina. Deu aulas de História da Igreja no mosteiro de Singeverga (1960-1967), no Instituto Superior de Estudos Eclesiásticos do Porto (1968-1969), no Instituo Superior de Estudos Eclesiásticos de Lisboa (1969-1970) e na Faculdade de Teologia da Universidade Católica, também em Lisboa e no mesmo ano lectivo. Em 1971 ingressou como Professor Auxiliar na Faculdade de Letras da Universidade de Lisboa, onde permaneceu até 1978, tendo regido diversas cadeiras, entre as quais História da Antiguidade Oriental, Metodologia da História e várias disciplinas e seminários de História Medieval. Em 1978 transferiu-se para a Faculdade de Ciências Sociais e Humanas da Universidade Nova de Lisboa, onde regeu cursos de Metodologia e Teoria da História, bem como diversas cadeiras e seminários de temática medieval. Nesta Faculdade realizou a sua Agregação e atingiu a cátedra (1979). Leccionou ainda História Institucional e Política Medieval na Faculdade de Letras da Universidade de Coimbra (1980-1981) e coordenou uma cadeira de História do Ordenamento e Planeamento do Território do curso de Engenharia Civil do Instituto Superior Técnico (1993-1995).

Após a independência de Timor-Leste, permaneceu neste país entre 1999 e 2006, tendo leccionado várias disciplinas no Seminário Maior de Díli e dado aulas no Curso de Literatura de Língua Portuguesa da Universidade local. No estrangeiro, deu ainda aulas ou proferiu conferências nas Universidades de Paris (Sorbonne), Bordéus, Poitiers, Santander, Santiago de Compostela, Sevilha, Oviedo e Roma, sobretudo ao longo das décadas de 1980 e de 1990.

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