Também as metodologias adoptadas, incorporando o que de mais avançado se produzia no estrangeiro ou mesmo ensaiando processos originais entre nós (por exemplo, através da prosopografia), viriam a conferir aos estudos de José Mattoso um carácter pioneiro no âmbito da História Social, da História Religiosa ou da História da Cultura e das Mentalidades medievais. Este aspecto é tanto mais relevante quanto muitos dos campos explorados eram absolutamente inéditos entre nós. É o que acontece de forma particular nos estudos de história das mentalidades, onde revela influências de Jacques Le Goff e Jean-Claude Schmitt, nomeadamente nas investigações inspiradas pela Antropologia, sobre a morte e os mortos, sobre as representações do poder e sobre o sacramento da confissão. Havendo em Portugal uma boa tradição de estudos sobre a vida quotidiana (Oliveira Marques e Iria Gonçalves, entre outros), a área das mentalidades medievais ficara durante muito tempo quase deserta. Do mesmo modo, antes do decisivo contributo de Mattoso, os estudos sobre a origem e antecedentes de Portugal geralmente não distinguiam a construção ideológica da realidade. Neste particular, muito do que veio a ser estabelecido pelo Autor foi de tal modo assimilado que hoje se considera não só como consensual mas também como óbvio, embora estivesse completamente ausente da historiografia portuguesa anterior. É, por exemplo, o caso do papel dos infanções, a camada intermédia da nobreza que na região portucalense assume uma acrescida importância militar, administrativa, judicial e política após o desaparecimento dos condes de Portucale, em 1071, que reforçará as tendências autonomistas e apoiará o infante Afonso Henriques na luta pela independência face à Galiza e ao reino de Leão, ou também o caso das decisivas consequências políticas da transferência da sede do poder portucalense de Guimarães para Coimbra, em 1131.

As sugestivas interpretações de José Mattoso não resultam de uma abordagem meramente ensaística da história portuguesa. Por trás das suas sínteses, sempre bem recebidas pelo grande público, está um minucioso e paciente trabalho de fina erudição que pode ser ilustrado, por exemplo, pela edição crítica de fontes históricas tão ricas e importantes como os livros de linhagens medievais portugueses (Nova Série dos Portugaliae Monumenta Histórica, Academia das Ciências de Lisboa, 1980; dois volumes, o segundo dos quais em dois tomos, sendo o primeiro volume em colaboração com o Prof. Joseph Piel).

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