Ainda em 1940, Miguel de Oliveira publica na Revista de Guimarães um dos seus mais sólidos trabalhos de investigação fundamental que, dez anos mais tarde, mereceu versão autónoma, sob o título As paróquias rurais portuguesas – Sua origem e formação. Nessa versão incorporou as sugestões críticas de Torquato de Sousa Soares que avaliou positivamente o trabalho e o convidaria a colaborar com a Revista Portuguesa de História. Aí publicou Origens da Ordem de Cister em Portugal e Santa Iria e Santarém.

A atividade historiográfica que continuou a desenvolver ficou marcada, a partir da segunda metade da década de 1950, pelo papel que teve na fundação e direção do Centro de Estudos de História Eclesiástica (CEHE), de que o atual Centro de Estudos de História Religiosa é sucessor. Correspondendo ao desafio do Comité International des Sciences Historiques que notou a ausência da historiografia portuguesa nos Congressos internacionais das Ciências Históricas, Miguel de Oliveira liderou a Comissão que saiu da reunião fundadora do CEHE realizada a cinco de janeiro de 1956 e que integrava António da Silva Rego, António Brásio e Avelino de Jesus da Costa. Em conjunto com Bernardo Xavier Coutinho e Mário Martins, viriam a compor a Comissão de Redação da revista do CEHE, a que Miguel de Oliveira deu o nome de Lusitania Sacra (ainda se publica). Aí publicou alguns dos trabalhos da fase final da sua vida, saindo no último volume da revista que ainda viu publicado Inquirições de D. Afonso III na Terra de Santa Maria. Entretanto, colaborara com diversos artigos nas enciclopédias alemãs Lexikon für Theologie und Kirche e Lexikon der Marienkunde.

Condecorado com o grau de Oficial da Ordem Militar de Santiago da Espada em 1945, foi eleito sócio correspondente da Academia Portuguesa da História em 1951, passando a académico de número em Abril de 1956, sucedendo na cadeira n.º 16 a Henrique de Campos Ferreira Lima. Veio a falecer em Lisboa a 15 de fevereiro de 1968. Em sua homenagem, a escola do ensino básico da terra natal recebeu o seu nome em Dezembro de 1998.

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