Retirando-se para a sua terra natal, redigiu várias ‘obras patrióticas’, opúsculos destinados a robustecer a resistência popular contra os franceses, das quais se destacam o Manifesto da Razão contra as usurpações francesas oferecido à Nação Portugueza, aos Soberanos e aos Povos (1808); Observações sobre os recentes acontecimentos das províncias de Entre Douro e Minho, e Trás-os-Montes (1809); as Reflexões sobre a invasão dos franceses em Portugal (1809), entre outros títulos, alguns traduzidos em Espanha, onde alcançaram alguma notoriedade.

Repelida a primeira invasão e restabelecida limitadamente a soberania nacional, o patriotismo e lealdade de José Acúrsio das Neves foram superiormente penhorados, sendo seleccionado para diversos cargos. A 27 de Agosto de 1810 é eleito sócio correspondente da Academia Real das Ciências de Lisboa. Ainda esse ano, será indigitado para juiz desembargador da Relação do Porto, que acumularia com os cargos de deputado e secretário da Real Junta do Comércio, Agricultura, Fábricas e Navegação, assim como de deputado da Real Fábrica de Sedas e Obra das Águas Livres e da Junta de Liquidação da extinta Companhia Geral de Comércio do Grão-Pará e Maranhão.

Em reconhecimento pelo seu empenho, seria galardoado com as Ordens de Cristo e de Nossa Senhora da Conceição. Estes indigitamentos direccionados para as áreas económicas foram decisivos para a consolidação do seu pensamento económico-político, pelo que iniciaria, a partir de 1814, a publicação das suas considerações sobre Economia Política, sem esquecer o contributo das lições e os exemplos oriundos da história, outra das suas grandes paixões literárias.

A sua obra cimeira nos meandros historiográficos é, evidentemente, a História Geral da Invasão dos Franceses em Portugal e da Restauração deste Reino (vols. I-V, 1810-1811), a qual permanece uma referência incontornável em qualquer bibliografia disponível sobre as Invasões Francesas, com reedições até à actualidade (1984/2008).

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