Na mesma tipografia surge uma primeira obra de cariz histórico, a Memória sobre a vida da beata Mafalda, rainha de Castela e reformadora do mosteiro de Arouca, de 1814. E já aqui, segundo os comentários de Inocêncio, temos uma questão metodológica inicial: é que a obra não apresenta, como é sugerido no texto, os prometidos apêndices documentais, de resto, segundo a mentalidade vigente na Academia das Ciências de Lisboa, onde se consagravam então António Ribeiro dos Santos, António Caetano do Amaral e João Pedro Ribeiro. Também no dito volume surge um breve tratado inédito de Frei Bernardo de Brito.

Aliás, será na Academia das Ciências que Frei Fortunato vai publicar cinco estudos, em 1821, 1823, 1825 e 1827, na História e Memórias… São eles temas em que se entrecruzam a erudição monástica tradicional com os assuntos clássicos da literatura, trabalhados no âmbito da Academia. Por um lado, memórias sobre «três grandes figuras da historiografia alcobacense» (João Ameal), conceito que Joaquim Veríssimo Serrão apenas aceita em sentido estrito – Bernardo de Brito, António Brandão e Francisco Brandão. Por outro, estudos sobre as literaturas grega e hebraica, desde os começos da monarquia até ao reinado de D. José.

Vários outros títulos serão publicados na Impressão Régia, como as orações fúnebres do bispo de Leiria e do bispo-conde de Coimbra, em 1820 e 1822; e volumosas colecções de panfletos anti-liberais, de tom virulento e de linguagem rica em intolerância política, como os periódicos O Punhal dos Corcundas (1823-24), O Mastigóforo (1824 e 1829), O Defensor dos Jesuítas (1829-1833) e A Contra-mina (1830), alguns deles em pleno reinado de D. Miguel e ocupando já Frei Fortunato a função de arcebispo de Évora. Neles, o autor aliava a melhor parenética anti-maçónica à autoridade dos cargos públicos que ocupava, servindo – como José Agostinho de Macedo e outros escritores – de porta-voz oficioso do regime contra o pensamento liberal, embora durante o período liberal e posterior à Vila-Francada, sem incitar à violência física (sobretudo em O Punhal dos Corcundas, anónimo). Alia então o conceito de soberania popular à acção da Maçonaria como erros de lógica histórica e filosófica, tanto provenientes da reforma de Lutero quanto do iluminismo setecentista, criticando no triénio vintista a legislação régia sobre matérias eclesiásticas, a separação do Estado e da Igreja, as tentativas de reforma do clero e as liberdades de imprensa e de pensamento.

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