Esta obra, porém, vai merecer reparos críticos de João Pedro Ribeiro em 1829 e 1830, numa altura em que este era o decano da classe de Literatura Portuguesa da Academia e titular da cadeira de Diplomática na Torre do Tombo. Frei Fortunato e mesmo José Agostinho de Macedo vão replicar aos comentários de Ribeiro, num confronto claro entre uma historiografia que, embora escrita por um presbítero secular, estava secularizada e não obedecia ao espírito hagiográfico de certa historiografia monástica e de uma tradição multisecular de erudição de Alcobaça, não isenta de mitos fundacionais e de lendas indocumentadas. Tais mitos e lendas não são objecto de reparo por parte de Ribeiro, pelo que Frei Fortunato não parece tê-los reproduzido de forma acrítica; mas defendia acaloradamente os méritos dos seus antecessores na Ordem, autores da Monarquia Lusitana, obra que sabemos reproduzir a pseudo-acta das cortes de Lamego.

O que é discutido, por exemplo, são os méritos paleográficos da congregação de Cister, por não enviar à Aula de Diplomática, em Lisboa, alguns dos seus monges, o que Frei Fortunato considerava dever-se a motivos económicos e ser resolvido de forma alternativa, com conhecimentos internos ministrados pela Ordem. E a própria origem da doação de bens ao mosteiro de Alcobaça, respondendo São Boaventura que a sobrevalorização da ausência de documentos coevos abriria as portas ao «cepticismo histórico» e que «Também há tradições históricas mui respeitáveis» (Resposta às «Reflexões do conselheiro João Pedro Ribeiro», 1830, pp. 3-8 e ss.).

Embora o tom de João Pedro Ribeiro merecesse alguns reparos dos censores da Academia (António Baião, A infância da Academia…, 1934, pp. 197-200), esta polémica não deixará de, até certo ponto, antecipar as que, a propósito das questões das reformas introduzidas pela revolução de 1834 nas formas de propriedade da terra (João Pedro Ribeiro-Coelho da Rocha) e de Ourique, vai opor Alexandre Herculano ao padre Francisco Recreio e a outros autores, em anos posteriores. O tom desabrido e irónico de parte a parte; a legitimidade da tradição não-escrita versus o valor único do documento dotado de autenticidade comprovada; a continuidade do reformismo joanino, tanto nos forais, nas ordens religiosas, nas melhorias dos proventos da agricultura, interrompida pela legitimidade aguerrida e jurídica de intelectuais como Herculano e Mouzinho da Silveira, estão presentes nestes diálogos fogosos de homens de letras com objectos de análise comuns, mas visões opostas.

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