É defensor da inquisição e da Companhia de Jesus como actuantes contra a irreligiosidade quinhentista e oitocentista; não fala no seu tempo como de decadência, embora aponte o dedo ao suposto papel dos vintistas na independência brasileira e no empobrecimento dos cofres públicos. Por fim, elogia Bossuet e o pensamento ultramontano, denotando uma construção argumentativa cuidada e inspirada nos exemplos bíblicos e numa visão de historiador informado, quase legalista e moderada, dos negócios do Estado e da Igreja.

Na segunda publicação de O Mastigóforo, a partir de 1829, já fortalecida a realeza de D. Miguel, a linguagem e o tom mudam, muito mais agressivos e dicotómicos, sem objectivos de conduzir à reflexão e ao debate, antes, «através do maniqueísmo que reproduz, provocar sentimentos imediatos de quase amor/ódio, de repúdio/aceitação», seguindo a linha de pensamento de José Agostinho de Macedo, a quem chama o príncipe dos escritores anti-maçónicos. Embora apele à guerra da pena e não da espada, o tom é claramente belicista e intolerante, de acordo, aliás, com o que considerava serem os ensinamentos das sagradas escrituras perante as heresias de todos os tempos. Se não antes, agora pugna pelas ideias extremas de uma conspiração maçónica, conforme veiculava o abade Barruel (Marília Favinha, Frei Fortunato de São Boaventura e a “Contra-Revolução”, 1996, pp. 95-109, 117, 119, 121-131 e 143-147 e João Ameal, «D. Frei Fortunato de São Boaventura…», 1964, pp. 406-423 e 428-429).

Após a Vila-Francada, Frei Fortunato de São Boaventura é feito censor régio do Desembargo do Paço; e a 5 de Dezembro de 1823, secretário de uma junta expurgatória de lentes, opositores e empregados da Universidade a excluir pelo seu comportamento e opiniões revolucionárias (Marília Favinha, Op. Cit., pp. 23 e 135). Em 1827 é elevado a cronista geral da Ordem de São Bernardo e nesse mesmo ano publica, de novo na Impressão Régia, a História cronológica e crítica da Real Abadia de Alcobaça, da Congregação Cisterciense de Portugal, para servir de continuação à Alcobaça ilustrada do Cronista-mor Frei Manuel dos Santos, com um longo parecer abonatório de José Agostinho de Macedo, que aliás, em carta, se refere ao autor como o Mabillon da «congregação de S. Bernardo» (Teófilo Braga, Obras inéditas de José Agostinho de Macedo…, vol. I, 1900, p. 92 e Joaquim Veríssimo Serrão, A Historiografia Portuguesa…, vol. III, 1974, pp. 98 e ss.).

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