Na obra historiográfica de Q.V. encontram-se algumas das características constituintes da historiografia erudita, como o valor dado ao documento, a centralidade das grandes figuras e o predomínio do factor político. O seu trabalho foi marcado pela defesa da construção do passado histórico suportado por uma minuciosa investigação documental. A preocupação maior é procurar reconstituir os factos determinantes da história nacional com o recurso a fontes, que sustentassem toda a argumentação histórica. Q. V. iria dedicar-se ao século XVI, procedendo à reconstrução da política nacional desde a morte de D. João III até Alcácer-Quibir. As suas análises, com base em correspondência e negociações diplomáticas, vão centrar-se em construções político-institucionais em redor da acção das principais personalidades da vida política portuguesa da segunda metade de Quinhentos (D. Catarina de Áustria, Cardeal D. Henrique, D. Sebastião). Para tal, “trouxe” para o estudo da História portuguesa o Arquivo Geral de Simancas (Espanha) e os infindáveis recursos aí disponibilizados. Aqui recolheu as fontes documentais que poderiam constituir prova para estruturar a sua obra. Este trabalho de arquivística, que ele observara e apreciara em Alexandre Herculano e em Gama Barros, viria a granjear-lhe elogios contemporâneos e posteriores, em particular pelos documentos inéditos, mas também pela sua visão positiva e metódica dos mesmos.

A sua obra historiográfica, denunciando os limites da historiografia erudita, veio a ser criticada por historiadores inspirados pelas teses do movimento dos Annales (Vitorino Magalhães Godinho) pois ao restringir-se à documentação diplomática, Q. V. expõe as questões de um ponto de vista das negociações secretas e das acções das figuras determinantes em todo o processo. A visão do povo português, das massas populares é quase imperceptível, constituindo como que uma pequena parte do quadro de fundo onde decorre a acção principal – as intrigas e maquinações palacianas. A preocupação pelo facto criteriosamente datado parece não deixar espaço para a percepção da consciência popular e, até, nacional, sobre o processo histórico da segunda metade do século XVI.

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