Com mais propriedade poderá ser apelidado de investigador do que de historiador - talvez na senda de um dos seus mestres, Braamcamp Freire, que recusou esta última designação. António Baião localizou, ordenou, publicou e confrontou textos e edições, mais do que elaborou conceitos e delineou interpretações de factos à luz da ciência histórica. Nele, o documentalista, o erudito e o arquivista raramente se atreveram a inovar, a buscar a síntese dos factos e das leituras subsequentes dos mesmos. Esse seria o trabalho de outros, em momentos posteriores e munidos de outra utensilagem e propósitos científicos.

Os trabalhos de Baião fundam-se num conhecimento aprofundado da documentação, na evocação sapiente dos contextos, das mentalidades e dos personagens. Constituem marcos decisivos nas temáticas abordadas, como as dos primórdios da expansão no Índico, dos processos inquisitoriais e dos trabalhos de historiadores e diplomatistas portugueses.

Porém, não ultrapassou uma determinada limitação factualista, o que é visível, por exemplo, no seu contributo para a História da Expansão Portuguesa no Mundo, de que foi um dos directores. Na vintena de páginas dedicadas à governação de D. Francisco de Almeida, de Afonso de Albuquerque e de D. João de Castro, limitou-se a reproduzir o essencial dos factos e das transcrições presentes em bibliografia que ele próprio dominava, remetendo, aliás, para as obras da sua autoria (História da Expansão Portuguesa no Mundo, vol. II, 1939, capítulo IX, pp. 101-127). O mesmo sucede nos volumes de Episódios Dramáticos da Inquisição Portuguesa, nos quais procura narrar as desventuras de figuras da cultura nacional com o Santo Ofício, sem, contudo, ultrapassar um registo por vezes quase anedótico: veja-se o que escreveu, no volume I, sobre «O filho do cronista Rui de Pina» e sobre «O cónego e poeta Baltasar Estaço» (Lisboa, Seara Nova, 1972 (1ª ed. 1919), páginas 17-19 e 63 e ss.).

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