Pelos seus conhecimentos de história africana, Duffy foi amiúde consultado pelo State Department a respeito da situação na África Portuguesa. Para além disso, foi um dos primeiros membros da African Studies Association (ASA). Fundada em 1957, esta associação, que inicialmente só reunia académicos norte-americanos, constitui uma das mais reputadas associações de africanistas do mundo. Entre 1967 e 1968, foi Presidente da African Studies Association, sendo depois seu Secretário Executivo, durante cerca de onze anos, de 1969 até 1980. Graças ao trabalho desenvolvido por Duffy, a African Studies Association não só conseguiu superar uma crise profunda que abalou as suas estruturas associativas nos finais da década de 1960, como também conseguiu alargar a sua base de associados, tornando-se numa organização à escala mundial, ainda que sediada nos Estados Unidos da América. Em 16 de Outubro de 1980, na última reunião desta associação presidida por James Duffy, Larry W. Bowman, outro reputado académico africanista, prestou-lhe um tributo público, recordando o seu papel fundamental na consolidação, na afirmação e no crescimento dessa associação.

Pelo pioneirismo e rigor científico do seu trabalho, é de toda a justiça considerar James Duffy como um dos principais impulsionadores da historiografia sobre o colonialismo português contemporâneo, sendo que muitos dos tópicos por si abordados são ainda hoje objecto de estudo e de reflexão por parte da academia. Duffy faleceu no dia 2 de Dezembro de 1999, em Arlington, Massachusetts.

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