No decorrer dos anos 60 cultivou também os estudos interdepartamentais na Faculdade de Letras da Universidade de Lisboa, travando conhecimento e trabalhando com nomes como Ruben Andersen Leitão (1920-1975), Maria de Lourdes Belchior (1923-1999) e Luís Lindley Cintra (1925-1991). Em 1966 ocupou o lugar de professor regente das cadeiras de Etnologia Geral e Etnologia Regional na Faculdade de Letras e abandonou definitivamente o ensino liceal. Em 1969 defendeu, na mesma Faculdade, a sua dissertação de doutoramento em Etnologia sobre os Bochimanes ´Khú de Angola. Estudo etnográfico, com uma classificação de 19 valores.

No ano seguinte terminou as provas do concurso para o lugar de professor extraordinário de Etnologia e em 1971 ocupou definitivamente o cargo de professor catedrático. Em 1973 foi responsável pela criação, no âmbito do Centro de Estudos Geográficos do Instituto Nacional de Investigação Científica, da linha de acção de «Recolha e Estudo de Literatura Popular», constituindo uma equipa alargada de colaboradores, formada por nomes como Lindley Cintra, Maria Aliete Galhoz (n.1929), Paulo Caratão Soromenho (1912-1985), António Machado Guerreiro (1919-2007) e Michel Giacometti (1929-1990). Com esta equipa coordenou um importante trabalho de recolha de tradições orais e musicais no país.

Recebeu, ainda em 1973, o Prémio Ocidente. Foi sobretudo a partir das perspectivas etnológica e antropológica que estruturou um contributo importante para a historiografia portuguesa contemporânea, reflectindo sobre a problemática das comunidades judaicas e islâmicas na história de Portugal (Dicionário de História de Portugal, 1965) e trabalhando igualmente no âmbito da história dos Descobrimentos, sobretudo naquilo que dizia respeito à temática da aproximação a novas culturas, de que resultaram trabalhos como a edição da Carta a El-Rei Dom Manuel sobre o achamento do Brasil, em 1974 ou da Carta do Achamento das Antilhas 15 de Fevereiro – 14 de Março de 1493, de Cristóvão Colombo, já em 1992.

Em 1974 cooperaria no processo de reestruturação da Faculdade de Letras da Universidade de Lisboa motivado pela Revolução de Abril, protagonizando iniciativas como a da criação do curso livre de Antropologia e do «Serviço Cívico Estudantil», no âmbito do qual dezenas de jovens universitários participaram activamente na recolha nacional de fontes etnográficas (que acabariam por ser integradas no actual Museu do Trabalho de Setúbal). Nesse período ocupou também a direcção do Museu Etnológico Dr. Leite de Vasconcelos e dinamizou o «Plano Trabalho e Cultura», estruturado sobre propósitos de sistematização das diversas componentes da cultura popular, com especial valorização da oralidade, uma vez que defendia que a palavra falada «É o milagre da inteligência que governa o mundo, a divina comunicação entre Deus e os homens e destes entre si. É a ordem no caos, o mundo feito unidade, o homem feito Deus» (Para a História da Literatura Portuguesa, 1978, 12).

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