Em 1986, publicou os Temas de Antropologia em Oliveira Martins, onde desenvolveu a sua reflexão historiográfica de forte pendor antropológico através de uma crítica fundamentada do «evolucionismo sistemático» de Oliveira Martins. Viegas Guerreiro contrapunha à linearidade dessa perspectiva evolucionista, a necessidade de reconhecimento da multiplicidade dos processos de desenvolvimento culturais (não necessariamente continuamente progressivos) e da importância do comportamento individual como motor de mudança. Rejeitando em absoluto a utilização do conceito de «raça», denunciou o modo como «o progresso científico das culturas europeias gerou, naturalmente, uma profunda convicção de superioridade, um desmedido etnocentrismo, que veio a concretizar-se nas mais abomináveis formas de racismo» (Temas de Antropologia em Oliveira Martins, 1986, 51), defendendo a autonomia dos conceitos de raça, cultura, religião e moral e sobretudo desligando-os de qualquer tipo de relação causal ou determinista. Defendia o estudo da cultura expurgado de qualquer tipo de juízo valorativo, entendido como um vício do etnocentrismo europeu.

Em 1988 terminou a edição da Etnografia Portuguesa (iniciada em 1933), publicando o X volume da obra, tendo, no mesmo ano, criado juntamente com Agostinho da Silva a «Associação dos Estudos Gerais Livres». Procurando promover o ensino público e gratuito, Viegas Guerreiro assumiu a direcção da Associação e participou activamente, ao longo dos anos seguintes, nas actividades dinamizadas pela mesma, traduzidas na realização de múltiplas conferências e na cooperação com diversas autarquias e universidades.

Em 1993, na sequência do trabalho realizado pela linha de acção de «Recolha e Estudo da Literatura Popular», foi responsável pela fundação do Centro de Tradições Populares Portuguesas. Em 1995, com oitenta e três anos de idade, produziu, nos Açores, o seu último trabalho de investigação, intitulado A Ilha de São Jorge: uma monografia. A 1 de Maio de 1997, e na sequência de um acidente vascular cerebral que o tinha já impossibilitado de trabalhar, faleceu no hospital de Carnaxide.

Foi membro correspondente da Associação Brasileira de Folclore (desde 1967), sócio correspondente da Academia de Ciências de Lisboa (eleito em 1976) e posteriormente Académico Titular da Classe de Letras da mesma Academia (investido em 1989). Actualmente, das diversas instituições que são herdeiras da investigação de Viegas Guerreiro, destacam-se três que explicitamente homenageiam o seu pensamento e o seu nome: o Centro de Tradições Populares Portuguesas Professor Manuel Viegas Guerreiro - unidade de investigação da Faculdade de Letras da Universidade de Lisboa; o Centro de Estudos Africanos Manuel Viegas Guerreiro - centro de investigação da mesma Faculdade; e, finalmente, a Fundação Manuel Viegas Guerreiro, criada no ano 2000 e cuja sede se situa na terra natal do patrono - Querença.

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