Ao longo da sua carreira, este historiador debruçou-se sobre múltiplos aspetos da história de Moçambique, entre os séculos XVII e XX. Os seus trabalhos revelam um foco em estruturas económicas e sociais e nas transformações que nelas tiveram lugar a curto e longo prazo. Mostram também uma ótica que é a do africanista, procurando inserir o passado moçambicano no contexto mais alargado da História de África, não tanto no contexto do império global português. Os sujeitos africanos – ou africanizados – tendem a receber maior atenção da sua parte do que os europeus, com o Autor a enfatizar sempre que eles não foram vítimas passivas, mas sim agentes dinâmicos. O historiador complementa as fontes escritas, cuja origem e perspetiva é tendencialmente europeia, com uma grande quantidade de registos orais, muitos deles recolhidos por si através de entrevistas conduzidas no terreno. Na análise destas fontes, porém, não abandona a postura crítica própria do historiador.

A sua obra inicial, sobre o sistema dos “prazos” do Zambeze, é paradigmática da sua historiografia e foi pioneira neste tema, aquando da sua publicação em 1972. Embora tendo em conta alguns antecessores (nomeadamente Alexandre Lobato), Isaacman vai além destes ao afastar a perspetiva estritamente legalista e ao focar, em vez disso, a realidade socioeconómica presente nos prazos. Conclui que as relações com a Coroa portuguesa e seus representantes foram menos fulcrais para os “prazeiros” do que outros fatores como o seu próprio poderio militar (assente no uso de escravos) e sobretudo as suas complexas inter-relações com a população e as elites zambezianas. O Autor descreve a forma como os “senhores dos prazos” construíram uma hierarquia paralela àquela que existia já no território, sobrepondo-se a esta, mas sem a substituir. Essa dinâmica, juntamente com a forma como as elites dos prazos adotaram nomes, práticas e formas culturais dos povos com que contactavam, levam-no a falar de uma africanização deste grupo, sobre o qual a metrópole europeia exercia pouco controlo direto. Uma tal tese permite inserir estes colonos luso-africanos (e goeses) num padrão histórico presente no vale do Zambeze e noutras áreas de África: povos invasores a estabelecerem-se como uma nova camada social de elite na região por si conquistada, adaptando-se culturalmente à mesma.

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