Já depois de 1975 e da independência da antiga colónia, Isaacman dedicou-se a estudar a atividade da FRELIMO, tanto enquanto participante na Guerra Colonial como no papel de governante do novo país. As suas publicações sobre este tema foram muitas vezes coredigidas com a sua mulher, Barbara. O casal não esconde a sua simpatia pela frente revolucionária, partilhando dos seus ideais anticoloniais e apontando o carácter repressivo e violento do domínio português, mas também não escreve história acrítica ou glorificadora. Em vez disso, relatam os desafios que a organização enfrentou, incluindo as dissidências internas (como a luta de Eduardo Mondlane e Samora Machel para impedir que a sua luta se limitasse a linhas raciais ou étnicas) e as dificuldades em desenvolver economicamente o Moçambique independente através de princípios marxistas-leninistas. São ainda críticos das contradições internas da Frente, nomeadamente no tocante ao papel das mulheres na nova sociedade moçambicana. Os escritos dos Isaacman publicados na década de 1970 e início da de 1980 possuem uma manifesta confiança no projeto político socialista da FRELIMO, apesar das suas imperfeições, ao passo que a biografia de Machel que redigiram em 2020 revela algum desapontamento com os desenvolvimentos posteriores à morte desse presidente.

Entre muitos outros aspetos da história socioeconómica estudados por Allen Isaacman, podem ser destacados o impacto do cultivo intensivo de algodão em Moçambique no período colonial, bem como o da construção da barragem de Cahora Bassa no rio Zambeze. A propósito destes temas, Isaacman é ferozmente crítico do império português e das suas práticas, enfatizando o recurso ao trabalho forçado (uma quase escravatura) para o cultivo do algodão e a forma como este, juntamente com a expropriação de terrenos para serem entregues a colonos brancos, pôs em causa a agricultura de subsistência de que os moçambicanos dependiam. Quanto à célebre barragem, o historiador recorre a relatos orais das populações desalojadas pela mesma para pôr em causa as narrativas oficiais em redor da obra, centradas no progresso e desenvolvimento económico – narrativas essas que, aponta, não foram exclusivas das autoridades coloniais, mas sim perpetuadas pelas forças políticas pós-independência, apesar dos danos humanos e ambientais provocados.

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