Aproximou-se assim, pela via da componente penal, da escola filosófica de Karl Krause (1781-1832), filósofo alemão que perspectivava o direito como tendo um papel essencial na formação da consciência moral da Humanidade, defendendo LMJ que a conservação da harmonia social, baseada numa associação íntima entre as ideias do «bem» e da «ordem», era parte integrante do destino racional que caberia ao Homem cumprir, na medida em que «Todos os homens são pessoas, todos têm um igual valor espiritual, porque igual valor tem em toda a humanidade a vontade livre e inteligente: todos devem por isso respeitar o direito de todos, reconhecendo em si o mesmo fim, a mesma natureza» (O Fundamento do Direito de Punir, p.17). Nessa medida, e numa perspectiva utilitarista da filosofia krausista, LMJ definia como crime todo o acto que pusesse em causa aquela harmonia.

Em Portugal, a reflexão sobre a criminalidade colocava-se com especial pertinência e actualidade na medida em que um ano antes daquela defesa, em 1852, se tinha publicado o primeiro Código Penal, cuja discussão destacaria LMJ como um dos mais respeitados criminalistas portugueses do séc. XIX. Juntamente com Francisco António Fernandes da Silva Ferrão (1798-1874) e António Ayres de Gouveia (1828-1916), LMJ foi um dos principais responsáveis pela dinamização das críticas e revisões do sistema penal português nas décadas seguintes, fazendo inclusivamente parte integrante da Comissão Revisora do Código Penal.

Abdicando da entrada no magistério, LMJ estabeleceu-se em Lisboa, onde exerceria advocacia durante longos anos, defendendo várias causas célebres, e onde publicou, logo em 1853-54, o Comentário ao Código Penal Português, estruturado em quatro volumes. A obra surgia, de acordo com LMJ, como resultado de dois aspectos fundamentais: um de natureza geral, relacionado com o facto de todo e qualquer código legislativo exigir a complementaridade da exegese («O Código mais perfeito carece de comentários. A lei somente deve estabelecer princípios gerais: pensar que ela pode prevenir e resolver todas as dificuldades, que na prática se apresentam, é nutrir uma esperança quimérica.» Comentário ao Código Penal Português, p. V); e outro, de natureza mais específica, relativo à necessidade de revisão do Código português, na medida em que, segundo LMJ, esse mesmo articulado legislativo: carecia de uma unidade sistemática e de um método, se baseava num enquadramento penal pouco claro e pontualmente desproporcional, e era excessivamente limitativo das liberdades de consciência e de associação.

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