Estruturante na afirmação da carreira de LMJ enquanto jurisconsulto, aquela obra foi também essencial na sistematização das suas posições enquanto historiador, na medida em LMJ fez proceder o Comentário de uma breve história do direito português e o complementou com recorrentes referências à história comparada das legislações europeias, entendida como um meio poderoso de aprofundar as questões jurídicas. Na perspectiva de LMJ, «toda a legislação tem um elemento histórico e filosófico; foi por isso que ao desenvolvimento teórico e filosófico das doutrinas juntámos o antigo direito pátrio e romano, bem como as disposições dos códigos modernos pela conveniência inegável de se poderem comparar as suas disposições com as da nossa lei» (Comentário ao Código Penal Português, p. VI).

Recuando até aos Visigodos, Lusitanos e Romanos, LMJ defendia que, tal como à Humanidade, também ao Direito se aplicava a ideia de uma idade poética, de ignorância e barbaridade, durante a qual o instinto era superior à razão e a imaginação superior à inteligência. Nesses períodos, a justiça era entendida como uma disposição subjectiva, sendo que a verdadeira fundamentação da sua legitimidade, acompanhada pela reabilitação do género humano, só se desenvolveria verdadeiramente no século XVIII, palco histórico da reforma completa da penalidade. Assumindo claramente um vínculo com a herança iluminista, LMJ atribuía a Voltaire (1694-1778), Rousseau (1712-1778), Beccaria (1738-1794) e Brissot (1754-1793), entre outros, a estruturação das bases do direito de punir e a definição das suas fronteiras, responsabilizando a Revolução Francesa pelo derrube das antigas instituições e pela conclusão da reforma da filosofia. Esses pensadores e esses acontecimentos haviam espoletado a reforma em toda a Europa.

O trabalho de LMJ em torno do Código Penal traduziu-se também na redacção do importante Relatório do novo projecto do Código Penal, entregue em 1861 ao Governo, que o converteu em projecto-lei e o apresentou às Cortes em Janeiro de 1862. Este projecto (que ficaria conhecido como «Código Penal de D. Pedro V») teve uma influência fundamental na lei reformadora de 1 de Julho de 1867 que suprimiu, em Portugal, a pena de morte para crimes civis e a de trabalhos públicos, materializando a consagração do modelo da prisão celular, do sistema penitenciário e, num sentido mais amplo, do direito penal correctivo.

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