A influência das posições de LMJ chegaria, inclusivamente, à nova reforma penal de 1884 e à promulgação do Código Penal de 1886, que se manteve em vigor até 1982, corrigido, reformado e complementado por múltiplas vezes. A década de 50 marcou, de facto, o início de uma produção prolífica de estudos historiográficos que estruturariam também as principais linhas de força do seu pensamento histórico e a maturação conceptual adstrita a essa mesma reflexão: com participações na Revue Historique de Droit Français et Étranger (1857), publicou também em Paris um Étude Historique sur la Quotité Disponible en Portugal (1857), a que se seguiram a História da Real Casa de Santo António (1857), a Memória Histórica sobre os Bispados de Ceuta e de Tânger (1858) e a edição de fontes, que muito valorizou, com as obras Portugalliae inscriptiones romans (1859) e Bullarium patronatus Portugalliae regum (1868-1879).

Já na última década da sua vida, manteve-se empenhado na produção historiográfica, desenvolvendo a composição da História Eclesiástica Ultramarina (em 1872) e da História do Congo (que já só seria publicada postumamente, em 1877). Privilegiando claramente as esferas da história do Direito e da Igreja, e com especial acento para a Europa e África, LMJ baseia-se nas ideias de desenvolvimento, de progresso e de um princípio harmónico que caracterizarão a evolução da humanidade, assente numa dependência recíproca dos seres humanos, que é também espelho da própria Natureza (onde nenhum ser vivo pode sobreviver isoladamente). Daí resulta também a perspectiva fundamental de uma relação ínsita entre o Homem e a Sociedade, com especial ênfase para as questões relativas ao estado social do Homem, intrínseco à sua própria existência e resultado da sua própria natureza. De acordo com LMJ, o Homem só se realiza verdadeiramente através da associação, entendida como meio de regeneração da raça humana, uma vez que a individualidade é perspectivada apenas como um estado de transição entre a abstracção e inorganicidade e a liberdade e organicidade concretas. Nessas dinâmicas, o autor não deixa também de valorizar o papel do cristianismo como motor de civilização. Contrapondo os conceitos de ignorância e barbaridade aos de inteligência e razão, LMJ faz a história de um homem que evolui em sociedade pelas vias da reforma, da regeneração e da reabilitação moral, em grande medida associadas cronologicamente ao período setecentista e assentes no aprofundamento das noções de justiça e de dever.

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