Na qualidade de editor de textos, quase uma inerência para o professor de Paleografia e Diplomática, deixou obra de monta. De um lado, os textos de circunstância, satisfazendo as solicitações próprias de um perito em leitura paleográfica: em colaboração, com Virgínia Rau (Carta de D. Manuel I ao rei de Aragão, Fernando, sobre a tomada de Goa, 1968; Inventário post-mortem del-rei D. Pedro II, 1969), ou Martim de Albuquerque (Regimento quatrocentista da Casa da Suplicação, 1982) ou inteiramente seus, A reconciliação de Abraaão Cohen, incursão na documentação inquisitorial (Portugaliae Historica, 1974) e Comentário diplomático e paleográfico à bula «Manifestis Probatum» (Academia das Ciências de Lisboa, 1981). De outro, as edições de tomo, destacam-se a edição crítica de A tragédia da Rua das Flores, de Eça de Queirós (Livros do Brasil, 1981), ocasião para imprimir o seu rigor crítico a um texto de um dos maiores da literatura portuguesa contemporânea, bem fora das suas habituais cronologias de intervenção, e a edição das Ordenações d’el-rei Dom Duarte (Fundação Calouste Gulbenkian, 1988), como responsável pela fixação do texto e em colaboração com Martim de Albuquerque. No capítulo da edição de textos, refiram-se ainda a História da vida, milagres e canonização do bem-aventurado S. Hyacintho da Ordem dos Pregadores, de Pedro de Mariz (Centro de Estudos Históricos, 1965) e as notas introdutórias à edição, por Mário Júlio de Almeida e Costa, das Ordenações Afonsinas (Fundação Calouste Gulbenkian, 1984), projecto relativamente ao qual chegou a acalentar esperanças de uma transcrição completa do texto, nunca concretizada. Martim Martins, primeiro tabelião de Guimarães (Congresso Histórico de Guimarães e sua Colegiada, 1981), estudo pioneiro sobre os notários como agentes da escrita, abriria amplo caminho para outros trabalhos, dentro e fora da sua escola.

Em 1985 fundou na Faculdade de Letras de Lisboa o Mestrado em Paleografia e Diplomática, com seminários de pós-graduação em Paleografia Portuguesa, Diplomática, Linguística Portuguesa Histórica e Codicologia. O curso funcionaria até 1994, reabrindo em 2003 sob a direcção de B. Sá-Nogueira e com as colaborações de Maria Helena da Cruz Coelho e Armando Luís de Carvalho Homem, bem como da sua discípula Susana Tavares Pedro, doutorada em 2008.

Borges Nunes participou nas reuniões preparatórias da fundação da Sociedade Portuguesa de Estudos Medievais, em 1985, na Faculdade de Letras da Universidade de Coimbra, colaborando com Luís Adão da Fonseca e José Mattoso. Depois de 1989, a sua intervenção na vida do Departamento de História e da Faculdade, intensa nos anos de 1983-1988, começou a diminuir.

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