Durante as quase cinco décadas em que leccionou na Universidade de New Hampshire, Wheeler centrou-se principalmente nas relações entre Portugal e Angola antes e depois do fim do Império português, tendo-se tornado uma importante autoridade nos temas. Escreveu várias obras e centenas de artigos sobre estas temáticas. Nessa instituição, alcançou uma cátedra em História Portuguesa no ano de 1995, após três décadas a lecionar. Além disso, após anos de dedicação e deslocações para investigação a Portugal, em 1993 Wheeler foi condecorado com a Ordem do Infante D. Henrique e, em 2004, com a Ordem do Mérito pelos serviços prestados pela investigação da História do país e sua divulgação.

As suas obras centraram-se sempre em subtemáticas destas áreas de investigação. Em 1971 publicou uma História de Angola (intitulada simplesmente Angola ) em colaboração com o historiador e jornalista francês René Pélissier. Como explicam na reedição traduzida para o português e publicada em 2009, esta foi escrita entre 1966 e 1970 e tinha como objetivo a análise das origens da Guerra do Ultramar iniciada em Angola em 1961. Com base numa “[...] história narrativa e cronológica [...],” os autores apresentaram uma análise que facilitasse a compreensão das raízes desta guerra. No entanto, ambos reconheceram que esta obra carecia de limitações derivadas do ambiente repressivo no qual foi escrita, tanto na então colónia angolana como na metrópole e mesmo, posteriormente, na própria Angola independente, onde o livro continuou proibído. A obra original, publicada em 1971, incluiu a história de Angola desde o século XIX até à Guerra do Ultramar e à sua independência. A reedição de 2009 consistiu numa versão traduzida e atualizada mas essencialmente pouco alterada dessa mesma obra original.

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