Publicado durante trinta anos (1903-1933), o Boletim da Segunda Classe (Actas, comunicações, pareceres, estudos, documentos e notícias) constituiu, para o período de 1898-1929, o preenchimento de um vazio documental no relato da vida intelectual da Academia das Ciências de Lisboa (ACL). Começa, precisamente, por indicar que «Desde 1851 se não estampavam actas das sessões académicas» (vol. I, 1898, p. VI). Da classe fazia parte, em 1898, o sócio efectivo Teófilo Braga (1843-1924), o mesmo que 20 anos depois será evocado, pelo discípulo António Ferrão, enquanto presidente de uma instituição idealizada em oposição à ACL, a Academia das Ciências de Portugal (António Ferrão, As Causas «Ideais» da Conflagração e a Função Pedagógica das Academias Científicas após a Guerra, 1918).

O final do século XIX representa, claramente, um período de transição entre os que recordavam o convívio e o labor com Alexandre Herculano e novas gerações de académicos e investigadores. A 1 de Fevereiro de 1898, a morte de João Pedro da Costa Basto, ex-oficial-mor da Torre do Tombo entre 1876 e 1880, significa mais um momento de impasse na publicação dos Portugaliae Monumenta Historica. O seu irmão e ex-ajudante, José Manuel, pede exoneração da responsabilidade da publicação da História dos Descobrimentos Portugueses. No Boletim, érecordado o historial de tal projecto desde os tempos de Andrade Corvo e Pinheiro Chagas, em 1882 e 1892 (vol. I, 1898, pp. 28-38).

Tal como o seu sucessor, o Boletim da Academia das Ciências, também o Boletim da Segunda Classe é constituído inicialmente por fascículos mensais e volumes anuais, para a partir do IV, passar a dizer respeito a meses de diferentes anos (por exemplo, Novembro de 1916-Outubro de 1917, uma época académica completa). Tal organização fundacional é explicada no volume III: «Este Boletim, publicado em fascículos, para que o seu conteúdo não perca em interesse pela demora, é dividido em duas partes: a primeira constituída pelas cartas da Classe e pareceres apresentados nas respectivas sessões; a segunda pelos estudos, comunicações, documentos e notícias a ela destinadas, com um resumo em francês das que possam interessar ao estrangeiro» (vol. III, 1909-1910, pp. 2-3). Tal resumo cai rapidamente em desuso.

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