Alguns autores, como Armando Carvalho Homem, consideram Damião Peres um historiador de sínteses e não tanto um investigador. Contudo, em vários artigos escritos para a Revista de Estudos Históricos, o autor demonstra a sua faceta de pesquisador, nomeadamente na colectânea de artigos sobre a administração pública da ilha da Madeira durante o reinado de D. Manuel e no período posterior à Restauração. Nesses artigos, observamos o recurso a várias fontes documentais, servindo-se o autor de diversas Chancelarias e de documentos de arquivo, como os patentes na Câmara Municipal do Funchal, trazendo inovação à historiografia ultramarina da época. Na verdade se, por um lado, alguns dos artigos redigidos pelo director desta publicação são meras publicações de fontes históricas ou divulgação de espécimes numismáticos, outros há onde se nota uma intenção de aclaração de alguns factos até então pouco esclarecidos, servindo-se de fontes primárias.

No seu artigo intitulado O problema dos governadores gerais da Ilha da Madeira, Damião Peres coloca em causa muitas das observações de Álvaro Rodrigues de Azevedo, professor e autoridade de relevo no delinear da história daquela ilha. Damião Peres discorda, pois, com o professor em vários aspectos, como em relação à lista de nomeados como governadores gerais, à designação dada ao cargo e à extensão das suas atribuições. A designação do cargo, segundo ele, terá conhecido várias formas, desde geral e superintendente das cousas da guerra até governador e, seguidamente capitão geral, mas nunca governador geral como defendia Álvaro Rodrigues de Azevedo. Por seu turno, Damião Peres considerava ainda que as atribuições deste funcionário eram muito limitadas, quase apenas do domínio militar, ao contrário do seu interlocutor.

Outro interessante debate historiográfico é assinalável no artigo de António Mendes Correia, intitulado A lealdade de uma Rainha portuguesa. Nele, o autor defende que a rainha D. Catarina de Áustria nunca terá favorecido as aspirações de Carlos V e de Felipe II à Coroa portuguesa, ao contrário das opiniões defendidas pelo Professor Queiroz Veloso, da Universidade de Lisboa, e por José de Sousa Guimarães. Para tal, Mendes Correia baseia-se na monografia do académico espanhol Llanos y Torriglia e nos documentos inéditos publicados por Queiroz Veloso. José de Sousa Guimarães publicaria um livro intitulado Erros da História, no qual atacaria a posição de Mendes Correia quanto ao papel desta rainha na efectivação da Monarquia Dual.

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