Depois da revolução de 25 de Abril de 1974, JAF iniciou uma profícua carreira docente, como professor catedrático da recém-criada Faculdade de Ciências Sociais e Humanas da Universidade Nova de Lisboa onde criou, a partir do zero, a formação especializada em História da Arte, ao nível de mestrado (o primeiro que existiu em Portugal, entre todas as áreas científicas) doutoramento e licenciatura. Orientou dezenas de dissertações e teses, de tal modo que um número considerável de historiadores da arte formados em Portugal desde então foram seus alunos.

Comissariou diversas exposições (Exposição Retrospectiva de António Carneiro, Fundação Calouste Gulbenkian, 1973; Os Anos 40 na Arte Portuguesa,  Fundação Calouste Gulbenkian, 1982; Exposição Retrospectiva de José Malhoa, Lisboa SNBA, 1983; Soleil et Ombres: l'Art Portugaise du XIX ème siècle, Musée du Petit Palais, Paris, e, depois, Palácio Nacional da Ajuda, 1987/88) sempre acompanhadas de catálogos ou da sua autoria exclusiva ou com colaboração especializada que são importantes referências da história da arte em Portugal. Foi presidente do Instituto de Cultura e Língua Portuguesa – ICALP (1976-79) onde dirigiu a "Biblioteca Breve", com cerca de 100 títulos. Dirigiu o Centro Cultural Português de Paris da Fundação C. Gulbenkian (1985-89) tendo ali realizado numerosos colóquios e exposições.

Desde 1972, instalou-se, durante grande parte do ano, em Jarzé, no Anjou (França), na casa familiar da sua segunda mulher, a historiadora de arte Marie Thérèse Mandroux, França e aí passou a residir permanentemente desde 2001. Em 1992, doou a sua colecção bibliográfica à Bublioteca da Fundação C. Gulbenkian; em 2004, doou parte da sua colecção de arte para a criação do Núcleo de Arte Contemporânea no Museu Municipal de Tomar que dirigiu até 2015; em 2005, doou o seu espólio literário à Biblioteca Nacional de Portugal. Membro da Academia Nacional de Belas-Artes (de que foi presidente) e da Academia de Ciências; recebeu as seguintes condecorações: Medalha de Honra da Cidade de Lisboa, 1992; Grande-Oficial da Ordem do Infante D. Henrique (10 de Junho de 1991); Grã-Cruz da Ordem da Instrução Pública (10 de Novembro de 1992); Grã-Cruz da Ordem do Infante D. Henrique (30 de Janeiro de 2006).

O traço mais marcante da personalidade intelectual de JAF é a raríssima amplitude dos seus interesses, militantemente concretizados em obra que ultrapassa os cem livros e as muitas centenas de artigos, divididos, por ele mesmo, entre “história da cultura, história da arte, estudos olisipográficos, monografias, ensaios e ficção”. E embora seja no campo da História da Arte que tem maior reconhecimento, convém recordar que o seu primeiro livro foi um notável romance (Natureza Morta, 1949). Nunca deixou de reafirmar que teve “imaginação de romancista” plenamente assumida depois da sua jubilação em 1992. Entre as obras de ficção sucessivamente publicadas, destacam-se Buridan (2002), A Bela Angevina (2005), José e os Outros (2006), Ricardo Coração de Leão (2007), João sem Terra (2008) e A Guerra e a Paz (2010). Refira-se também o registo memorialístico - Memórias para o ano 2000 e Memórias para após 2000, este editado em 2012 – que constituem um manancial impressionante sobre a vida cultural portuguesa durante mais de 70 anos, naturalmente filtrado pela subjectividade do autor.

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