Na juventude, entre os anos de 1940 e 1950, JAF envolveu-se em diversas polémicas que permitem compreender melhor os seus princípios e a prática deles decorrente. Foi, primeiro, a cisão interna do Grupo Surrealista entre o seu próprio grupo (com António Pedro, Fernando Azevedo e Vespeira) e outro, protagonizado por Mário Cesariny; este, até ao final da sua vida, considerará França um falso surrealista que impusera uma historicização subjectiva a um movimento que tinha o seu cerne na liberdade das vivências e das práticas artísticas. Simultaneamente, JAF confrontou o Neo-Realismo, especialmente as posições radicais do então jovem pintor Júlio Pomar contra a arte abstracta, considerada um desvio em relação à responsabilidade da cultura na afirmação e representação do povo trabalhador. Mais tarde, nomeadamente na sequência da exposição Os anos quarenta na arte portuguesa (Fundação Calouste Gulbenkian, 1982) foi confrontado por Fernando Guedes que inequivocamente demonstrou que JAF  subsumia o facto de que a arte abstracta se iniciara, ainda nos anos de 1940, no Porto (no âmbito das Exposições Independentes e da obra pictórica de Fernando Lanhas) e não em Lisboa, como o historiador sempre teimou em manter, defendendo a prevalência dos seus amigos artistas que, no início dos anos de 1950, transitaram do Surrealismo para a Abstracção.

A partir da década de 1980, e especialmente já na viragem do século XX para o século XXI, outros aspectos da obra franciana começaram a ser revistos ou contestados. Em relação à sua obra inaugural, Lisboa pombalina e o Iluminismo, novos historiadores da arquitectura e do urbanismo (por exemplo Walter Rossa, discípulo de José Eduardo Horta Correia), sem porem em causa as qualidades fundadoras da investigação,  provaram que os planos pombalinos da reconstrução da cidade não foram um ruptura com o passado mas a continuidade e transmutação de práticas arquitectónicas e de “fazer cidade” que recuavam ao século XVI e se haviam afirmado na construção das cidades do império português. Quanto ao tratamento da arte dos séculos XIX e XX, têm vindo a ser confrontadas algumas linhas direcionais que JAF partilhou com os mestres que o formaram e com quem conviveu: a superioridade da cultura artística europeia, gerada, desde o Renascimento, por uma sucessão de vanguardas, centralizadas em Roma e depois, definitivamente, em Paris; a prevalência das “Belas-Artes” (ou seja da Arquitetura, da Pintura e da Escultura) sobre as Artes Decorativas cujas artesanias e valores decorativos seriam predominantemente conservadores; a dependência das artes dos países periféricos em relação aos grandes centros, o que, no caso português, conduziu a menosprezar outras dinâmicas de trocas culturais e a desvalorizar os artistas (na verdade quase todos) que não obtiveram reconhecimento internacional; a desatenção a relevantes aspectos da autonomia da cultura portuense em relação à de Lisboa; uma visão excessivamente pessimista dos adquiridos da arte em Portugal, mantendo a atitude catastrofista da Geração de (18)70 que muito admirava. No entanto, a crítica, por vezes contundente de que a obra de JAF tem sido objecto não põe em causa a excepcionalidade do seu percurso e da sua obra, fundadoras da histórica da arte do século XX em Portugal.

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