O trabalho nestes últimos despertou novamente o seu interesse no Império português, pelo que se tornou, em 1955, investigador no Ernest Oppenheimer Institute for Portuguese Studies em Witwatersrand . Nessa qualidade voltou a visitar os arquivos portugueses (e goeses) e viajou por Moçambique. Em 1962 deixou a sua alma mater para ser professor na Universidade da Cidade do Cabo e diretor do Centro de História da mesma, cargo que manteria até 1974. Nestas posições, promoveu e fomentou o ensino de história africana, lecionando o primeiro curso dedicado a essa área de estudos em qualquer universidade sul-africana, em 1963. No ano seguinte tornou-se vice-reitor daquela universidade, até 1978, ano em que se aposentou. Publicou várias obras durante todo este período, todas centradas nos portugueses em África. Manteve-se ligado aos meios historiográficos portugueses, tendo sido vogal fundador do Centro de Estudos Históricos Ultramarinos (1955) e membro associado do Centro de Estudos da Marinha (a partir de 1972). Traduziu para inglês e publicou numerosos documentos portugueses. Em 1988, participou na coordenação das comemorações dos 500 anos da viagem de Bartolomeu Dias, uma iniciativa conjunta de portugueses e sul-africanos que incluíu a recriação da viagem quinhentista (por uma réplica – mas com motor – da caravela do navegador) e do seu desembarque em Mossel Bay , não sem alguma controvérsia.

Nas suas obras históricas, Axelson intentou assumidamente fazer um “relato dos factos” e não tanto a sua análise, numa perspetiva “ rankeana ” que lhe foi incutida pelo seu mentor, Fouché. Certos contemporâneos criticaram essa alegada falta de profundidade crítica e consideraram-no um mero cronista ( Harries e Saunders, “Eric Axelson and the History of Portugal in Africa”,1998, p. 172).

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