Novamente mobilizado, foi indigitado pelo Governo de Vichy como chefe da censura à imprensa oriental, tendo em conta os seus vastos conhecimentos de línguas (cerca de dezassete) entre as quais línguas orientais. Porém, sendo conhecida a sua posição patriótica e favorável aos Aliados, corria o perigo de ser enviado para um campo de concentração na Alemanha. O próprio marechal Pétain aconselhou-o a sair de França para a América ou para uma universidade portuguesa. Como ele conta no prefácio da obra Études historiques sur la Galice et le Portugal, o prestígio da Universidade de Coimbra ditou a escolha, assim como a paz que aqui se vivia.

P. D. chega a Coimbra a 30 de Março de 1941, oficialmente a pedido do Instituto Francês em Portugal e em “missão universitária”, para reger Literatura Provençal na Faculdade de Letras daquela cidade. Será, pois, na Faculdade de Letras de Coimbra e no recém-fundado Instituto de Estudos Históricos Doutor António de Vasconcelos que irá centrar a nova etapa da sua carreira científica. Leccionou as cadeiras de Francês Arcaico, Língua e Literatura Provençal, Latim Medieval, História das Instituições Medievais, História do Ensino na Idade Média e Fontes para a História Medieval Portuguesa e Espanhola.

Em breve recomeçou a sua produção historiográfica, agora sobre Portugal. Os temas escolhidos situam-se na área da história eclesiástica, na medida que se cruza com os primórdios de Portugal. Deixou trabalhos dispersos por numerosas revistas: Biblos, Boletim do Instituto de Estudos Franceses, Bulletin des Études Portugaises (do Instituto Francês em Portugal), Bulletin Hispanique (da Faculdade de Letras de Bordéus), Humanitas, Liturgia, Revista Portuguesa de História, Revista Portuguesa de Filologia, etc. O Pe. Avelino de Jesus da Costa, seu discípulo e amigo, sistematiza em três géneros os seus trabalhos relacionados com Portugal, quer publicados quer inéditos: obras históricas, obras histórico-litúrgicas, canónicas e hagiográficas, obras literárias e trabalhos de cultura religiosa. A maior parte destes estudos foi publicada, outra continua inédita ou somente esboçada.

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