Regressando a Lisboa com 34 anos, M. Farinha dos Santos inscreve-se nas cadeiras em falta para concluir a licenciatura e frequenta um curso livre de arqueologia ministrado por Manuel Afonso do Paço (1895-1968). Orientado por Manuel Heleno (1894-1970), seu professor na FLUL e diretor do Museu Etnológico Português Dr. Leite de Vasconcelos (MEPLV), M. Farinha dos Santos estuda os exemplares de terra sigillatta das coleções desta instituição museológica, com vista à elaboração da dissertação final intitulada “Contribuição para um melhor conhecimento de terra sigillata encontrada em Portugal. A terra sigillata do Museu Etnológico do Dr. Leite de Vasconcelos”.

Entre 1957 e 1963, M. Farinha dos Santos participa com M. Heleno nas escavações de Tróia, assumindo a sua direção em 1960, após tornar-se ‘colaborador eventual’ do MEPLV em 1958, ano em que integrara a comissão executiva do I Congresso Nacional de Arqueologia. Licenciado com 14 valores, M. Farinha dos Santos é convidado por M. Heleno, em 1959, para ‘segundo-assistente’ da Secção de História da FLUL, razão pela qual solicita, no ano seguinte, a sua exoneração da PIDE. Passa, então, a lecionar as cadeiras anuais de Pré-história, História da Civilização Romana e de História da Arte em Portugal, assim como as cadeiras semestrais de Antiguidade Oriental e Numismática, ao mesmo tempo que orienta aulas práticas no MEPLV, anexo à FLUL.

M. Farinha dos Santos cursa, ainda, espeleologia na Sociedade Portuguesa de Espeleologia (1948), sob direção de Carl Harpsoe, então cônsul da Dinamarca em Portugal, e do geólogo Jaime Martins Ferreira (1927-2011), coadjuvando, entre outros, José Camarate França (1923-1963) na descoberta de estações pré-históricas dos concelhos de Sintra e Loures. Realiza, também, o curso de Conservadores dos Museus, Palácios e Monumentos Nacionais que finaliza em primeiro lugar, com 18 valores. Nesta sequência, é nomeado professor daquele curso e diretor do Panteão Nacional, em 1968, cargo do qual é afastado em 1975 (e nele reintegrado em 1982), ao abrigo do Decreto-Lei n.º 123/75, de 11 de março, que prevê a pena de demissão da função pública a todos os ex-funcionários da antiga PIDE (A História da PIDE, 2007).

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